Recientemente me llamó la atención un gran recurso nuevo en Twitter y hay un artículo que lo describe en BioRxiv: DNAmod: la base de datos de modificación de ADN. Casi todas las secuencias de nucleótidos modificadas que escuchamos y leemos son modificaciones de la citosina, principalmente metilcitosina e hidroximetilcitosina; es posible que también haya oído hablar de 8-oxoG si está interesado en el análisis FFPE. Todo tipo de nucleótidos modificados ocurren en la naturaleza y pueden ser importantes en los procesos biológicos donde pueden variar a través del tejido de un organismo, o pueden ser simplemente ruido químico. Las modificaciones son más importantes cuando cambian las propiedades de la cadena de ADN, cómo se lee y qué podría o no unirse a ella, por ejemplo, mC.
La biología de la modificación de la base es muy compleja: la ADN metiltransferasa marca la citosina con un 5-metilo, enzimas de la familia TET que oxidan la 5-metilcitosina a 5-hidroximetilcitosina y la reparación por escisión de la base mediada por la timina ADN glicosilasa vuelve a la citosina no modificada. Muchos grupos han trabajado en métodos para secuenciar bases modificadas, con el grupo de investigación de Shankar Balasubramanian aquí en Cambridge asociado más estrechamente con 5hmC-seq en su escisión de CEGX.
Base de datos DNAmod: La base de datos de modificación de ADN enumera 38 bases modificadas, solo 7 de las cuales solo se han observado sintéticamente. Brinda a cada una una breve descripción de cada base modificada, incluida la función biológica probable y, lo que es más importante para los lectores de Core Genomics, enumera los métodos que se pueden usar para mapear las modificaciones en el genoma.
Desafortunadamente, parece perder el OxBS-seq método publicado por Booth y otros en 2012, pero tiene la competencia TAB-seq método publicado por Yu y otros en el mismo año.
No todas las bases se modifican en la misma medida: Hay un total de 128 nucleótidos modificados informados en la lista no verificada de DNAmod. Asumí que las modificaciones serían aproximadamente el mismo número para cada uno de los componentes biológicos, pero varían significativamente: Uracil tiene 45 modificaciones (¿Supongo que las modificaciones en los ribonucleótidos necesitan un control menos cuidadoso?), Adenina (39) tiene casi el doble de modificaciones que la guanina (19), y Citosina (13) y Thymine (12) tienen menos.
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