WASP: una plataforma de procesamiento de RNA-Seq de una sola célula versátil y accesible a través de la web

La tecnología de secuenciación de ARN de una sola célula (scRNA-seq) ha ganado una enorme popularidad, ya que permite obtener información sin precedentes sobre la heterogeneidad celular, así como la identificación y caracterización de poblaciones (sub)celulares. Además, scRNA-seq es casi omnipresente aplicable en la investigación médica y biológica. Sin embargo, estas nuevas oportunidades vienen acompañadas de desafíos adicionales para los investigadores con respecto al análisis de datos, ya que se requiere experiencia técnica avanzada para usar software bioinformático.

Investigadores en Universidad Justus Liebig de Giessen han desarrollado WASP, un software para el procesamiento de datos de scRNA-Seq basados ​​en Drop-Seq. Este software facilita el procesamiento inicial de lecturas sin procesar generadas con el protocolo ddSEQ o 10x y genera matrices de expresión génica demultiplexadas que incluyen métricas de calidad. La tubería de procesamiento se realiza como un flujo de trabajo de Snakemake, mientras que se proporciona una aplicación R Shiny para la visualización interactiva de resultados. WASP admite un análisis completo de las matrices de expresión génica, incluida la detección de genes expresados ​​diferencialmente, la agrupación de poblaciones celulares y la visualización gráfica interactiva de los resultados. La aplicación R Shiny se puede usar con matrices de expresión génica generadas por la canalización WASP, así como con datos proporcionados externamente de otras fuentes.

Con WASP, los investigadores proporcionan una herramienta intuitiva y fácil de usar para procesar y explorar datos de scRNA-seq. Hasta donde saben, actualmente es el único paquete de software disponible gratuitamente que combina el procesamiento previo y posterior de datos basados ​​en ddSEQ y 10x. Debido a su diseño modular, es posible utilizar cualquier matriz de expresión génica con la aplicación R Shiny de posprocesamiento de WASP. Para simplificar el uso, WASP se proporciona como un contenedor de Docker. Alternativamente, el preprocesamiento se puede realizar a través de Conda, y hay disponible una versión independiente para Windows para el posprocesamiento, que solo requiere un navegador web.

Disponibilidad – El software está disponible a través de una interfaz basada en la web y admite la implementación en infraestructuras informáticas locales y basadas en la nube. https://github.com/andreashoek/wasp

Hoek A, Maibach K, Özmen E, Vazquez-Armendariz AI, Mengel JP, Hain T, Herold S, Goesmann A. (2022) WASP: una plataforma de procesamiento de RNA-Seq de una sola célula versátil y accesible desde la web. Genómica BMC 22(1):195. [article]



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