VIDEO CONSEJO DE LA SEMANA: DISEÑO DE PROTEÍNAS UTILIZANDO ROSETTA

Como sucede a menudo, el consejo de la semana pasada sobre la visualización de estructuras me llevó a seguir leyendo y pensando en la creación de estructuras de proteínas. Y aunque es importante que los biólogos puedan usar más información sobre estructuras de proteínas y variaciones en su trabajo de herramientas como Aquaria o PDB, también es importante para algunos investigadores estar en el otro extremo del proceso y realmente producir la proteína. estructuras Además, esto también conduce a la posibilidad de mejores diseños de proteínas novedosas como terapias, por ejemplo, produciendo anticuerpos como los que posiblemente podrían combatir el ébola.

Mientras buscaba un software de diseño de proteínas para resaltar un consejo, me quedó claro que el nivel de complejidad de los problemas en el diseño de proteínas en realidad no se prestaba a videos cortos. Hay algunos seminarios introductorios y tutoriales sobre las herramientas de Rosetta, pero ciertamente requieren un poco de tiempo para explorarlos. En su lugar, he decidido resaltar esta muy buena descripción general de los aspectos del diseño de proteínas que tendría que abordar para crear proteínas personalizadas.

Esta «Introducción al diseño de proteínas» de iBiology de David Baker está muy bien hecha. También hay un segundo seminario que es más detallado sobre el diseño de proteínas con nuevas funciones para resolver muchos problemas en la investigación biomédica y los desafíos ambientales.

Esto parece increíblemente importante y útil, pero ciertamente desalentador para comenzar. Una forma de obtener una ventaja en esto sería tomar un taller de introducción. Recientemente me notificaron sobre la oportunidad de aprender de un par de investigadores que son muy hábiles con las herramientas de Rosetta: Daisuke Kuroda y Jared Adolf-Bryfogle.

Incluyo en las referencias una buena revisión de los conceptos básicos del diseño computacional de anticuerpos por Kuroda et al. Y también un artículo de Adolf-Bryfogle y su equipo que cubre aspectos importantes de los componentes de los anticuerpos que necesitarías para predecir estructuras y diseñar otras nuevas, que se almacenan en la base de datos que han creado. Esto debería darle una idea de los desafíos y oportunidades. Y darle una buena base para los conceptos.

El software de Rosetta ha sido una potencia en el diseño de proteínas durante muchos años. Ha sido líder en las competencias CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction). Tiene una fuerte comunidad de usuarios: Rosetta Commons. Puede obtener y utilizar el software de diversas formas, incluidos algunos servidores para uso académico, y una parada importante serían los servidores ROSIE, «The Rosetta Online Server que incluye a todos aloja varios servidores para potencia informática combinada como un recurso gratuito para usuarios académicos”.

Actualización rápida: el seminario web reciente que impartimos, «World Tour of Genomics Resources II», ahora está disponible como una grabación descargable. Accede aquí. Hay una breve vista previa de video allí, pero todo dura aproximadamente una hora.

Si desea las diapositivas y el folleto con la lista de recursos, están disponibles en nuestra publicación anterior: World Tour of Genomics Resources II, publicación de seguimiento del seminario web. Vamos a convertir esto en un conjunto de tutoriales regular con una grabación profesional pronto, y estará disponible en nuestro catálogo entonces.

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