Un nuevo estudio utiliza aprendizaje automático y RNA-seq para identificar fusiones de genes causantes de cáncer en glioblastoma



Escrito por Miyako Rogers, escritor científico

Un nuevo estudio, publicado en Naturaleza, ha identificado fusiones de genes con potencial oncogénico en glioblastoma. Usando Oncofuse, una herramienta de aprendizaje automático, los investigadores interrogaron los datos de RNA-seq de los tumores de 139 pacientes con glioblastoma recién diagnosticados. Se identificaron 30 fusiones con potencial oncogénico predecible. Este estudio marca un buen punto de partida para dilucidar qué fusiones de genes pueden afectar la patogénesis del glioblastoma, así como otros tipos de cáncer.

Fusiones de genes

El glioblastoma es el tumor cerebral primario más agresivo, con una supervivencia media de unos 14-16 meses. Las fusiones de genes, que están presentes en todos los tumores cancerosos, pueden proporcionar nuevos conocimientos para las estrategias de tratamiento y también podrían actuar como potentes biomarcadores de pronóstico.

Las fusiones de genes son quimeras: pueden ser el resultado de reordenamientos genómicos que dan lugar a una sola unidad de transcripción o producirse debido a un empalme trans. RNA-seq puede identificar fusiones de genes fácilmente; y aunque se ha demostrado que algunas fusiones de genes desempeñan un papel en las primeras etapas del desarrollo del tumor, muchas no parecen tener consecuencias funcionales. Como resultado, determinar qué fusiones de genes son funcionalmente relevantes requiere un análisis más profundo, y este estudio utilizó una herramienta de aprendizaje automático, Oncofusiblepara hacer precisamente eso.

Fusiones de genes con potencial oncogénico

Este estudio utilizó datos de RNA-seq de tumores de 139 pacientes con glioblastoma recién diagnosticados, de múltiples bases de datos. Luego actuaron en silico análisis de las fusiones detectadas, y encontró 103 fusiones diferentes, involucrando 167 genes diferentes. Luego eliminaron algunas de estas fusiones seleccionando solo fusiones en marco que podían producir un producto. Después de eso, ejecutaron Oncofuse y redujeron el número de fusiones a solo 30. Estas 30 fusiones con un potencial oncogénico predecible se clasificaron en 4 categorías distintas: 6 se describieron previamente en el cáncer, 6 involucraron oncogenes o genes supresores de tumores, 4 Oncofuse predijo que tenían potencial oncogénico y otras 14 fusiones en marco. Solo 2 de estas fusiones estaban presentes en más de un paciente: FGFR3::TACC3 y EGFR::SEPTIN14.

Implicaciones futuras

Este estudio es realmente un punto de partida para futuras investigaciones. Las fusiones de genes identificadas son raras, solo se detectan en

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