Hace algunas veces, recibí un conjunto de Ion-Torrent /mate-reads de mala calidad. No pude alinear muchas cosas usando bwa. Siempre me he preguntado si podría obtener mejores alineaciones usando NCBI-BLASTN (respuesta corta: no). Es por eso que le pedí a guyduche, mi estudiante en prácticas, que escribiera un programa en C para convertir la salida de blastn a SAM. Su código está disponible en github en: https://github.com/guyduche/
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