¿Está considerando la secuenciación de ARN de una sola célula frente a la secuenciación de ARN a granel y no está seguro de cuál elegir? Siga leyendo para descubrir qué es cada método de secuenciación, en qué se diferencian y cuál elegir en qué momento.
¿Qué es la secuenciación masiva de ARN?
La secuenciación masiva de ARN, o RNA-seq, es un término para cualquier método de secuenciación que utiliza la expresión génica promedio de todas las células de una población para identificar la presencia y la cantidad de ARN en una muestra de células. Se utiliza para el perfilado del transcriptoma (analizando el transcriptoma de una célula y sus cambios).
¿Cómo funciona la secuenciación de ARN a granel?
La secuenciación de ARN a granel funciona midiendo el nivel de expresión promedio de genes individuales dentro de las células. Sin embargo, los puntos de datos generados para la observación representan muestras a granel de muchas células en lugar de células individuales.
¿Qué es scRNA-seq?
El análisis de una sola célula estudia diferentes aspectos de las células (como sus genomas, proteomas, transcriptomas y metabolomas) a nivel de célula individual. scRNA-seq mide los niveles de expresión génica en células individuales.
¿Cómo funciona el RNA-seq de una sola célula?
El primer paso en scRNA-seq es aislar una sola célula para su análisis. Las células individuales se pueden aislar de varias maneras, como mediante dilución en serie o microdisección de captura con láser. Otras técnicas de aislamiento son la recogida manual o mediante biochips microfluídicos basados en la hidrodinámica. Una vez que se aíslan las células, se clasifican y los ARN se etiquetan con un código de barras específico de la célula antes de realizar la transcripción inversa para que el ADNc se pueda amplificar para preparar la biblioteca de secuenciación. El RNA-seq de una sola célula permite la investigación de la biología del ARN de hasta 20 000 células individuales, simultáneamente1.
Secuenciación de ARN unicelular vs a granel
El más antiguo de los dos métodos, la secuenciación masiva de ARN es menos costosa, requiere menos mano de obra y requiere menos tiempo que la secuenciación de una sola célula. Además del perfil del transcriptoma, RNA-seq puede ayudar con el descubrimiento de nuevos transcritos, identificando genes empalmados alternativamente o detectando la expresión específica de alelo. Sin embargo, dado que solo mide el nivel de expresión promedio de una población de células, la información sobre la heterogeneidad de la población celular no está disponible.
Por otro lado, scRNA-seq, aunque más costoso y laborioso, permite extraer información sobre la heterogeneidad de las poblaciones celulares. Además, con scRNA-seq es posible encontrar firmas de expresión génica para esas poblaciones celulares e identificar biomarcadores. También podemos usarlo para ver cómo los tipos de células interactúan entre sí, cómo cambia su estado en diferentes condiciones o cómo pasan de un estado a otro.2
Análisis de datos de RNAseq y scRNAseq
En Fios Genomics, tenemos una gran experiencia en el análisis de datos de RNA-seq a granel y de scRNA-seq. De hecho, el análisis de datos unicelulares es uno de nuestros servicios de análisis más populares. Esto quizás se deba a nuestra capacidad para analizar de forma rápida y económica los datos de expresión génica de una sola célula desde una variedad de plataformas que incluyen 10X Genomics, DropSeq y SMART-Seq2. También podemos recibir datos en varios formatos para su análisis, como archivos FastQ sin procesar, archivos BAM/SAM alineados y matrices de conteo sin procesar.
Cuando se trata de secuenciación de ARN de una sola célula frente a ARN a granel, independientemente del método que elija, podemos proporcionar los análisis. Gracias a la experiencia biológica y computacional de nuestros bioinformáticos, podemos revelar los conocimientos relevantes dentro de su transcriptómica y datos unicelulares que lo ayudarán a alcanzar sus objetivos de investigación. Contáctenos ahora para discutir su proyecto de secuenciación o complete el formulario a la derecha para recibir una muestra de nuestros informes de análisis de scRNAseq.
Fuentes
Ver también:
Secuenciación vs Análisis: ¿Por qué la disparidad de costos?
Beneficios de la secuenciación de ARN
Análisis unicelular: aplicaciones y resoluciones para la investigación
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