¿Qué conversación le gustaría tener a cada proveedor de instrumentos de secuenciación?

En la telenovela Hombres Locos, una máxima favorita del personaje principal Donald Draper es «si no te gusta lo que dice la gente, cambia la conversación». Hay una gran parte de verdad en esto: la forma en que pensamos sobre cualquier tema se ve fuertemente afectada por la forma en que se enmarca el tema: cambie el encuadre y, a menudo, la conversación cambia radicalmente. ¿En qué podría querer cada proveedor de secuenciación que centremos nuestras conversaciones, especialmente con la presentación de la serie Illumina NovaSeq X la semana pasada?

Illumina: el mundo consiste en SNP humanos y fábricas de datos

La serie NovaSeq X de Illumina continúa la mejora de la productividad con una mejora del precio de compra inicial, y el precio de compra inicial está altamente relacionado con las tarifas del contrato de servicio en curso. Illumina quiere que ejecute muchos genomas, transcriptomas, espaciales (siempre que genere bibliotecas de Illumina) y otros ensayos -Seq. Eso significa enormes fábricas de secuenciación (como la que apoyo) capaces no solo de comprar la caja, sino también de comprar y respaldar la automatización necesaria para mantener semejantes fauces alimentadas con bibliotecas y el presupuesto para pagar todas esas bibliotecas. Es algo sorprendente que Illumina no haya ofrecido un producto de hardware para la generación de bibliotecas de alto rendimiento; aparentemente están contentos con los diversos proveedores de manejo de líquidos que compiten en este espacio.

El producto Illumina Complete Reads «no, no es una lectura sintética, confíe en nosotros» está comenzando dirigido solo a humanos y el énfasis, particularmente con el enfoque dirigido de seguimiento, parece estar solo capturando algunos SNP perdidos: hubo No se habla mucho de SV o haplotipos. Y si apunta, pierde la capacidad de descubrir muchos SV y resolver haplotipos.

Illumina también quisiera hablar sobre sus capacidades informáticas integradas, con DRAGEN apareciendo en todas las cajas más recientes para realizar canalizaciones rutinarias de FASTQ a VCF y más. Tener capacidades similares pronto puede ser de rigor en este espacio Por otro lado, hay muchas aplicaciones que no son compatibles con DRAGEN, y algunas, como muchas relacionadas con el trabajo de una sola celda, son acaparadores de cómputo. No se sorprenda al ver un código de cómputo tan alto y de alto perfil migrar a DRAGEN

MGI: Somos como Illumina, pero salvarás

MGI está ansioso por participar y es el único competidor que ofrece una gama completa de secuenciadores para igualar a los de Illumina, con precios destinados a ofrecer un descuento en las ofertas de Illumina. En teoría, los datos son casi intercambiables y a MGI le gustaría presentar una solución integral a los clientes.

De lo que a MGI le gustaría cambiar la conversación es cualquier percepción de que están vinculados al gobierno chino o que la cadena de suministro podría estar en riesgo si estalla una guerra comercial. Esas preocupaciones tienen cierto grado de validez, pero lamentablemente es fácil que adquieran un matiz xenófobo.

Thermo (Ion Torrent): La innovación en secuenciación está sobrevalorada; Nuestros clientes están felices

Hace mucho tiempo que no sigo de cerca a Ion Torrent. Las personas que solían acercarse ansiosamente a mí se han dispersado a los cuatro vientos, además, cada vez que miro su sitio web no veo nada que anime a un escrutinio profundo. Hay varios nichos de secuenciación específicos que Ion Torrent admite lo suficientemente bien como para mantener a sus clientes actuales, pero ciertamente no se andan con rodeos por otros nuevos.

PacBio: SV de alta precisión, haplotipos y metilación son el futuro

PacBio quisiera convencerlo de que debería hablar sobre la precisión de las cosas más allá de los SNP y los indeles cortos. Que obtener la metilación sin pasos adicionales es útil de forma rutinaria a partir de muestras WGS típicas, una pregunta abierta en el espacio WGS, aunque me dijeron que hay algunos datos interesantes sobre trastornos neurológicos pediátricos. Que debería buscar SV de forma rutinaria y estar muy interesado en los haplotipos. Le pedirían que sea escéptico sobre la precisión de Illumina CLR al llamarlos y señalar que no puede derivar la metilación y dirían que las cantidades de entrada (supuestamente alrededor de 100 ng para Illumina CLR, alrededor de 300 ng para el protocolo sin amplificador PacBio Low Input) son lo suficientemente cerca como para no ser un problema. Les gustaría conversar mucho sobre las lecturas largas de mayor precisión en el negocio y señalar el potencial de la tecnología DeepConsensus para impulsar esto aún más.

A PacBio también le encantaría hablar sobre el mundo más allá de los genomas humanos: las lecturas largas de alta precisión tienen muchas aplicaciones interesantes para caracterizar germoplasma agrícola valioso, para biología sintética e ingeniería de proteínas y muchas otras.

Ah, y PacBio pronto tendrá una nueva conversación sobre su línea de productos SBB, probablemente en ASHG a fines de este mes. Intentarán convencerlo de que su mejora en la precisión de lectura se traducirá en un mayor valor, que el mercado no está suficientemente (o sobre) atendido por la precisión de lectura de Illumina.

PacBio preferiría que no hablara sobre la complejidad del flujo de trabajo y la escasez de soluciones de automatización para admitir un alto rendimiento.

Oxford Nanopore: ¡Nuestra calidad de datos es realmente buena! ¡Créenos! Y somos ligeros en su presupuesto de capital

Nanopore lo llevará a una conversación similar a la de PacBio sobre las glorias de las lecturas largas, mientras lo convence de que los datos de Kit14 son realmente de alta calidad. Y hablarán sobre el precio de compra inicial mucho más bajo, los correspondientes contratos de servicio más bajos y las menores demandas de mantenimiento de los instrumentos con pocas piezas móviles. Además, ¡no ocupan mucho espacio!

Ah, y también trataré de convencerte de que el modo de fragmentos cortos es una alternativa valiosa a las lecturas cortas. No es que haya muchas publicaciones que respalden eso, ¡pero confía en ellas!

A Nanopore le gustaría desviar cualquier conversación sobre sus sitios web torpes (y, a veces, inutilizables en los teléfonos inteligentes) y el envío lento que funciona tan bien como un conjunto desgastado de amortiguadores. La preparación automatizada de la biblioteca está tan débilmente desarrollada como la de PacBio, por lo que no son realmente peores, ¡pero ese no es un punto para conversar!

Element Biosciences: Illumina se ha excedido gravemente en sus necesidades

Element tiene una tesis comercial de que existe un gran mercado para cajas de precio modesto que entregan alrededor de 1B (simplemente mejoraron sus especificaciones) 2×150 lecturas con buena calidad. He visto conversaciones en Twitter que sugieren que varias personas están realmente asustadas de que su núcleo compre un NovaSeq Xplus, ya que temen que esto signifique largas esperas para llenar esas celdas de flujo mongo. Charlie Johnson en Twitter expresó una preocupación similar desde la perspectiva del operador del laboratorio central: el costo del instrumento y el contrato de servicio exigirán una utilización muy alta o el centro perderá dinero. Así que ciertamente hay voces independientes que apoyan el plan de negocios de Element. También esperaría que haya muchas biotecnologías pequeñas que quieran el control y la velocidad de los secuenciadores internos,

A Element también le gustaría que hablara sobre el valor de la gratificación inmediata: su caja se está enviando, mientras que NovaSeq X está a un mínimo de seis meses y NextSeq 1000/2000 con XLEAP-SBS a más de un año.

Element también tiene la tecnología de lectura sintética LoopSeq, que planean aprovechar en su plataforma, pero aún así han ofrecido amablemente kits para Illumina.

La directora ejecutiva de Element, Molly He, desafió explícitamente en Twitter al kibitzome de secuenciación (el espacio de todos los que hablan públicamente sobre el tema) para predecir los próximos avances de su plataforma. Presumiblemente, un aumento general en la densidad sería un objetivo para permitir más lecturas con un perfil de costo similar en el mismo instrumento. Un número creciente de funciones de análisis en su nube; tal vez se asocien con algunas de las empresas de conservación de flujos de trabajo de bioinformática que han surgido. Element cree que LoopSeq cumple la función para >150 lecturas de pares base, pero soy un gran admirador de un poco más para una serie de aplicaciones que pueden ser muy relevantes para algunas biotecnologías que podrían estar interesadas en AVITI, y no tan interesadas en el flujo de trabajo intensivo en mano de obra para LoopSeq

Ultima: ¿No le gustaría ahorrar mucho dinero? Y no descarte nuestros datos

Ultima propone instrumentos costosos que reducirían el costo por gigabase al rango de $1. Se ha sugerido que NovaSeq X podría ser descontado por Illumina para clientes clave en un rango de alrededor de $ 1.5 / gigabase (frente a la lista de $ 2), pero para grupos realmente hambrientos de datos, sigue siendo una diferencia de precio considerable. Una pregunta para Ultima (y hasta cierto punto, para cualquier empresa que no pertenezca a la ILMN) es a cuántas tiendas de Illumina pueden convencer para que ejecuten Ultima e Illumina o, mejor aún, cambiar. Está el Broad al que le gustaría tener un instrumento de cada sabor, pero ¿cuántos sitios más quieren lidiar con la logística, la capacitación y otras complejidades de un taller mixto?

También está la pregunta en curso de hasta qué punto los datos de Ultima son funcionalmente intercambiables con los datos de Illumina, dado el problema del homopolímero y la naturaleza de un solo extremo. Ultima desea convencerlo de que su talentoso equipo de informática brindará herramientas de basecalling y downstream para suavizar la diferencia; otros son escéptico.

El lanzamiento de Ultima aproximadamente al mismo tiempo que NovaSeq X debería agregar emoción adicional a la competencia.

Genómica singular: hablemos de la paciencia como virtud cardinal

Singular está sumida en problemas de la cadena de suministro que les impedirán entregar instrumentos. Los verdaderamente virtuosos esperarán a Singular, rechazando las ofertas de Element AVITI y MGI y, sin duda, NextSeq. No importa que las gráficas en las redes muestren que Element supera a Singular en costo inicial y costo de funcionamiento

Genapsys: ¿No es el Fénix una historia asombrosa?

A Genapsys (ahora Sequencing Health) le gustaría que hablara sobre los fénix que resurgen de las cenizas. Acaban de pasar por un feo procedimiento de quiebra y los activos fueron comprados por un subconjunto de los inversores. Quieren que imagine que la tecnología central pasa de cualquier rendimiento sostenido a un rango cercano al de un juguete (aunque si lo hubieran entregado poco después de que el fundador Hesaam Esfandyarpour diera una vertiginosa charla sobre AGBT en 2014, habría funcionado bien)

Genapsys/Sequencing Health preferiría no hablar de zombis deambulando sin dirección, ni de la trayectoria plana de la última empresa de secuenciación que resucitó después de la quiebra, Helicos ahora SeqLL.

comodines

En algún momento, puedo intentar encuestar a las nuevas empresas de secuenciación nuevamente para buscar señales que puedan surgir. Roche/Genia/Stratos sigue siendo un enigma celosamente guardado, aunque tanto los anuncios de trabajo como alguien con quien hablé dice que la olla sigue burbujeando. Si Agilent (eliminó a LaserGen) o QIAGEN (eliminó a su propio GeneReader) decidieran participar nuevamente, o si alguien nuevo en el espacio quisiera realizar una adquisición (antes de que GE explotara, a menudo me preguntaba acerca de GE Healthcare), Singular Genomics sería una candidato, pero en realidad cualquiera de las startups podría serlo. Otros han sugerido que un importante servicio de atención médica de secuenciación podría asegurar una empresa al adquirirla; espero que no (odio ver la tecnología aislada), pero ciertamente no está fuera de discusión. Ciertamente, en cualquier momento podría salir la noticia de que hay un nuevo jugador y tienen una dirección de conversación muy definida que les gustaría que tomara el mundo.

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Como siempre, ¿me perdí algo? ¿Malinterpretar algo? ¡Unirse a la conversación!

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