Python para bioinformática: orígenes del SARS-CoV-2

Aquí hay algunos enlaces a artículos útiles sobre la hipótesis de la «fuga de laboratorio»:

Nicolás Wade (Enlace), Yuri Deigin (Enlace), Rossana Segreto y Yuri Deigin (Enlace)

Andersen et al. (Enlace), Yangyang Cheng (Enlace), Glenn Kessler (Enlace), Matt Yglesias (Enlace)

Daniel Engber (Enlace)

Mi hipótesis favorita ha sido que la pandemia de covid-19 comenzó de la misma manera que la pandemia de SARS original, en un «derrame» de SARS-CoV-2 de un reservorio natural del virus en los murciélagos, a través de un huésped intermediario.

Junto con gran parte del mundo científico y político, esta semana he estado leyendo y actualizando mi probabilidad de la hipótesis alternativa de que la pandemia comenzó cuando el SARS-CoV-2 escapó en un accidente, de un laboratorio en el Instituto de Wuhan de Virología (WIV).

El problema con la hipótesis del desbordamiento es que, a diferencia del SARS original, hay muy poca evidencia que la respalde. Más bien, lo que sabemos sobre el SARS-CoV-2 indica que el virus apareció en humanos en un solo evento. Hay muy poca diversidad en las secuencias de las primeras muestras de virus. No se asoció fuertemente con un «mercado húmedo» y no se conoce un huésped intermedio.

Cuando el virus apareció en los humanos, ya estaba bien adaptado para crecer en ellos, con una proteína S que se ajusta muy bien a su receptor humano (la proteína receptora ACE2), así como un sitio de escisión de furina que se sabe que facilita la transmisión viral. entrada. El sitio de furina es esencial para la infectividad en humanos.

Con respecto a la hipótesis del escape, no ayudó que Donald Trump apoyara esta idea, sugiriendo la siniestra posibilidad de que el escape no solo explica la pandemia, sino que fue deliberado. Dado que Trump ha mentido repetidamente sobre casi todo, sus declaraciones en realidad disminuyeron (al menos para mí) la probabilidad de que esta hipótesis sea correcta. Agregue a eso el hecho de que tantos políticos de derecha buscan pelear con China.

No le doy mucha importancia a los informes vagos de que el personal de WIV fue hospitalizado con una enfermedad similar a la gripe en el otoño de 2019, incluidos otros informes de que se analizaron muestras de ellos para detectar SARS-CoV-2 y resultaron negativas. Los primeros informes provienen de «fuentes de inteligencia» que estaban motivadas para apoyar el argumento de Trump, y el segundo de fuentes oficiales del gobierno chino igualmente motivadas para mantener las cosas en secreto. Posiblemente sean ciertos, pero es imposible evaluar su precisión ahora.

Tampoco creo mucho en la idea de que, como dijo David Baltimore, el sitio furin es una «pistola humeante». La adquisición de tal secuencia podría haber ocurrido fácilmente de forma natural, por recombinación. El uso de codones del sitio no proporciona evidencia convincente de que haya sido diseñado. De hecho, secuencias similares que podrían haberse recombinado para dar lugar a la furina quizás también habrían estado fuera de marco originalmente, y la adquisición reciente no ha dado tiempo suficiente para la optimización de codones en el huésped humano. Además, si estuviera diseñando un sitio, probablemente no habría elegido esta secuencia subóptima en lugar de ejemplos conocidos que funcionan mejor.

Los métodos modernos no dejan signos en la secuencia (como sitios de restricción convenientes para ensamblar un genoma completo a partir de clones de ADN de partes del mismo) que serían «signos de ingeniería» inconfundibles para técnicas más antiguas. Así que la afirmación frecuente de que la secuencia no muestra tales signos tampoco es decisiva.

Lo que encuentro más preocupante es el informe de que WIV (así como los laboratorios de otros lugares) estaban manipulando partes del gen S (el RBD). Construyeron virus híbridos con genes S cuyo producto se sabía que se unía bien a las células humanas. Estos se hicieron no solo con lentivirus pseudotipados (que serían seguros), sino con columnas vertebrales de coronavirus de murciélago (que definitivamente no son seguros). Increíblemente, algunos laboratorios incluso agregaron sitios de escisión de furina. Múltiples laboratorios realizaron tales experimentos, en China, EE. UU. y Japón, y en otros lugares.

También se llevaron a cabo experimentos de adaptación, mediante cultivo en serie en células humanas y en ratones «humanizados» portadores del receptor Hu ACE2. Richard Ebright tiene razón al insistir en que todos estos experimentos fueron extremadamente irresponsables.

Un segundo aspecto problemático es la seguridad del laboratorio. Shi Zheng-Li, el IP de estos proyectos en WIV, declaró que su trabajo se llevó a cabo en BSL-2 y BSL-3, y Wade aprovecha esto para afirmar repetidamente que se llevaron a cabo experimentos peligrosos en BSL-2. Si esto es cierto, entonces eso también sería muy, muy malo, e incluso en ausencia de cualquier otra evidencia que lo confirme, pesaría fuertemente la balanza a favor de la hipótesis de escape.

Una tercera característica problemática es la publicación de una secuencia viral estrechamente relacionada con el SARS-CoV-2 (el más relacionado) justo después del comienzo de la pandemia, por parte de Shi y colaboradores. Esta muestra era claramente de alrededor de 2013. Se informa que el esquema de nombres del archivo de secuencia indica que se secuenció en 2017 y 2018. Su intento de ocultar esto y pretender que solo se secuenció recientemente, también es preocupante, si esto es cierto.

Incluso si la relación entre EE. UU. y China fuera menos antagónica, no imagino que el gobierno chino alguna vez permitiría a los investigadores acceder a los cuadernos originales y las bases de datos de secuencias de los investigadores de WIV. Entonces, al final del día, probablemente nunca sabremos la verdad. Todo lo que nos queda son probabilidades que están muy ponderadas por nuestros «priores» sobre las dos hipótesis.

El resultado final real aquí es que incluso si la pandemia comenzó como un desbordamiento, ciertamente podría Han comenzado por escape de laboratorio. Deberíamos actuar en consecuencia, para asegurarnos de que no vuelva a suceder.

Actualizar:

Sin embargo, para que quede claro, la publicación anterior es mi análisis de las probabilidades de dos hipótesis diferentes de lo que podría haber sucedido.

florian kramer aconseja paciencia. Tomó más de un año encontrar la evidencia relevante para el SARS. Para algunos otros virus, aún no hemos encontrado la fuente del contagio. Creo que sus antecedentes para escapar del laboratorio son demasiado bajos, pero aún así, esto no está resuelto. Podría cambiar en el futuro si se dispone de evidencia que respalde el efecto indirecto.

Sin embargo, si la teoría de la fuga es lo que realmente sucedió, la evidencia se enterrará muy profundamente. Además, los chinos nunca permitirán tal investigación. Todo lo que hará presionar para que se lleve a cabo una investigación científica será criticar a China, lo cual no ayuda. Y la idea de que la comunidad de inteligencia estadounidense resolverá esto es risible.

Lo más importante es que aceptemos que pudo haber sido una filtración y cambiemos de actitud sobre si se debe continuar con investigaciones de ese tipo.



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