ómicos! Omics!: AGBT 2022: Preguntas pendientes

Element Biosciences: ¿Cuándo aparecerán los kits para socios?

Element Biosciences fue un patrocinador Plata de la reunión y pareció ser bien recibido. En los gráficos de precio del secuenciador frente a precio por gigabase (o millones de lecturas) que han surgido, AVITI de Element ocupa un lugar óptimo al ofrecer un rendimiento significativo tanto a un precio de compra más bajo como a un costo más bajo por unidad de datos de secuencia que sus competidores similares. AGBT marcó el lanzamiento comercial formal del sistema, con usuarios de acceso temprano discutiendo sus experiencias. Element también anunció un kit 2×75 que se lanzará a fines de este año para permitir aplicaciones de conteo más rápidas y económicas.

Hasta que se envíen los kits, los usuarios que los deseen pueden dudar en invertir en AVITI. Sí, puede convertir bibliotecas de Illumina, pero con una penalización en términos de cantidad de biblioteca por la misma cantidad de entrada. El secuenciador de Element requiere plantillas circulares en lugar de lineales, por lo que adaptar los kits para AVITI no será solo una cuestión de cambiar los oligos adaptadores.

Singular Genomics: ¿Se venderán la velocidad y la conveniencia?

Singular también tuvo una presencia significativa en la conferencia como “patrocinador colaborador”. Singular parece más caro tanto para el instrumento como para

El anuncio más notable de Singular es un kit MaxReads para 4 mil millones de lecturas más cortas (30-100 pares base) para admitir aplicaciones de conteo. Se dieron a conocer pocos detalles, pero una especulación es que esta celda de flujo tiene un paso mucho más ajustado para permitir más grupos, pero más pequeños, que se agotan antes que sus grupos estándar.

Singular también anunció una asociación con Olink para usar MaxReads para respaldar la tecnología de proteómica de anticuerpos oligoligados de Olink. Dado que Illumina se asoció recientemente con SomaLogic, rival de Olink, tenía sentido asociarse con otra empresa de tecnología de secuenciación. Presumiblemente, este es un tipo de trato de “nación más favorecida”: ¡Olink no va a cortar a los usuarios de Illumina!

Genapsys A No Show: ¿Volverá a aparecer?

Según los informes, Genapsys (¡tengo mis espías!) No tuvo presencia en AGBT este año, en contraste con su stand en la reunión de 2020 celebrada cuando la pandemia estaba aumentando por primera vez. Genapsys se presentó originalmente en AGBT 2014, luego básicamente se quedó en silencio durante muchos años y luego volvió a aparecer.

Genapsys con un chip de alta densidad habría sido un feroz competidor, dado el pequeño costo de capital y el modesto espacio de laboratorio de los dispositivos, pero con una calidad de datos tan buena o mejor que Ion Torrent y un costo de funcionamiento modesto. No tengo muchas esperanzas en ello, pero si Genapsys nunca regresa, sería muy valioso para la comunidad obtener un análisis de dónde se estrellaron en el aspecto técnico. ¿Fue un problema obtener los datos de los dispositivos como se rumorea para Ion (aunque alguien me ha dicho que esta no es necesariamente la historia)? ¿Se descompuso la capacidad de leer la señal a medida que los puntos se acercaban?

¿Volverá a ser interesante Ion Torrent?

Hablando de Ion Torrent, ¿puedo dejar de mencionarlos como hago con SeqLL? Ion se enfoca en su modesta base de clientes, pero ¿alguna vez convencen a alguien nuevo para que compre la plataforma?

¿Volverá alguna vez Oxford Nanopore a AGBT?

Tras su famosa charla de 2012, la ONT no ha tenido una presencia formal en AGBT. En privado, compararán asistir a visitar Mordor. Su personal de redes sociales promueve activamente las charlas y carteles en AGBT, pero eso es todo.

Pero AGBT es una concentración espectacular de clientes de secuenciación, proveedores e inversores del ecosistema de secuenciación, y como empresa comercial, ¿cómo puede justificar ONT dejar pasar la oportunidad? Por supuesto, dado que ONT realmente no hace tratos con otras compañías en el ecosistema (sus relaciones formales con NVIDIA son una rara excepción a su aversión por las asociaciones), quizás esas dos últimas categorías sean irrelevantes.

Por supuesto, la otra pregunta es si algún escritor tendría el descaro de escribir London Calling más de un mes después de que sucediera. Una muy buena pregunta, supongo…

¿Cómo se supone que debemos llamar la química de lectura corta de PacBio?

Tampoco tenían miedo de disparar directamente a los competidores, con una diapositiva que pretendía mostrar el mejor SNV general y una pequeña llamada indel de las plataformas de lectura corta. PacBio también mostró a SBB la secuenciación perfecta y constante de 27 y 28 corridas base de A/T, así como la llamada a una inserción de una base en el primer elemento de una matriz VNTR larga. Además, llamar con precisión a una variante de una muestra dopada donde la variante estaba presente en el 0,125 % de las lecturas.

También están ejecutando mucho el sistema: ¡más de 1500 ejecuciones para este año! Eso debería proporcionar una gran base de datos sobre confiabilidad, aunque, por supuesto, hace una diferencia si se trata de 1500 ejecuciones de bibliotecas realmente aburridas o una amplia gama de muestras desafiantes.

El lanzamiento todavía está programado para la primera mitad del próximo año, lo que por supuesto puede significar el 1 de enero o el 30 de junio a las 11:59.

¿Qué pasa con Illumina Química X?

Tampoco se dio ninguna información sobre la fecha de lanzamiento. ¿Es X algo que Illumina insinuó temprano para tratar de distraer la atención de la avalancha de nuevos participantes, o todavía piensan que pueden obtener grandes titulares con un anuncio grande y oportuno sobre cómo robaron el trueno inicial de Ion Torrent al lanzar MiSeq? Cuanto más espere Illumina para aclarar sus planes, más clientes se sentirán tentados por los nuevos participantes, y en algún momento la gente deberá hacer sus solicitudes de capital.

¿Cuándo se lanzará Illumina Infinity?

La otra iniciativa nueva de Illumina es la tecnología sintética de lectura larga Infinity, que (junto con PacBio HiFi y Oxford Nanopore) se presentó en el discurso de apertura de Euan Ashley (que, curiosamente, en realidad abrió la reunión como debería ser un discurso de apertura).

La charla de Ashley dio algunas pistas sobre los datos del sistema: los N50 leídos tenían alrededor de 5 kilobases, aunque había una diapositiva fijada en lecturas anormales en el rango de 20 kilobases. Pero no mucho sobre el flujo de trabajo del laboratorio. Sí aparece el Se requerirá la plataforma de software acelerado por hardware DRAGEN para convertir datos sin procesar en lecturas sintéticas Infinity.

Illumina ha estado ansiosa por mostrar casos en los que Infinity puede resolver lo que las lecturas cortas no pueden, aunque PacBio los incendió en Twitter antes de la reunión por una diapositiva que parecía mostrar tantos errores graves como éxitos. E Illumina no está siendo muy comunicativa sobre cómo funciona el sistema: la mayoría de las conjeturas se refieren a la mutagénesis por PCR y quizás a la transposición que preserva la contigüidad. Tampoco hay ningún detalle sobre la fecha de lanzamiento o el precio.

¿Qué tan grande es el problema de la calidad de la secuencia de Ultima?

También señalan que debido a que Ultima debe leer completamente ciertas inserciones de la biblioteca de una sola celda para llegar a la información crítica de UMI y/o código de barras, esos datos serán de la más baja calidad y es posible que muchos UMI no se puedan descifrar.

Ultima no se lanzará por completo hasta el próximo año, aunque obtuvieron un importante respaldo y un cliente en forma de Exact Sciences. Algunos observadores han señalado que los ensayos de secuenciación sin células de Exact pueden ser una gran opción para Ultima, ya que no están tratando de identificar mutaciones específicas, sino que denominan metilación (¿o número de copias?) a granel.

El artículo de Pachter & Booeshagi ilustra el valor de la publicación temprana de datos: ahora hay hierba gatera para que los desarrolladores de bioinformática aborden el problema. De hecho, demostraron que sus propios métodos de pseudoalineación aumentaron la sensibilidad, aunque no en gran medida. Tal vez se necesiten otros métodos (¿mapeo comprimido de homopolímeros?), o tal vez los métodos que Ultima ya ha desarrollado pero que el equipo de Stanford no ha utilizado funcionan mucho mejor. Por el contrario, Pachter & Booeshagi pudieron quejarse legítimamente de que la mayoría de los conjuntos de datos de Ultima no están disponibles (y en serio, “disponible a pedido” en realidad no está disponible): las empresas son inteligentes para inundar SRA con tantos conjuntos de datos como dicen tener ( bueno, tal vez los 1500 PacBio SBB de este año serían excesivos).

¿Qué tan disruptivo será BGI?

BGI lo ha hecho oficial: darán el salto al mercado estadounidense a finales de verano con su tecnología CoolMPS. Como señalaron otros, BGI tiene algunos sistemas realmente grandes que también pueden competir con NovaSeq o Ultima, y ​​que tienen la ventaja sobre Ultima de tener un perfil de error extremadamente similar a los datos de Illumina.

BGI también tiene juegos en la secuenciación de células individuales impulsadas por microfluidos y la secuenciación espacial, aunque algunos de estos pueden estar en una etapa demasiado temprana para ser comerciales. Aún así, la posibilidad de que BGI ataque múltiples mercados es muy real y podría complicar las cosas para compañías como 10X o la gran cantidad de jugadores espaciales.

Pero, BGI tiene el bagaje de estar estrechamente vinculado a la República Popular China y al Ejército Popular de Liberación, e incluso si no se opone a eso (ya he escuchado de un líder de la instalación de secuenciación que lo hace) la tensa situación geopolítica entre EE. UU. y China hará que muchos se detengan: ¿podría algún futuro embargo comercial interrumpir la capacidad de obtener consumibles?

¿Tuitear AGBT alguna vez será grande otra vez?

La cantidad de personas que tuitean desde AGBT parece disminuir cada año, aunque mi más profunda gratitud por la docena de contribuyentes habituales. También es notable que los proveedores de secuenciación realmente parecen estar disminuyendo su presencia en Twitter: deberían estudiar Oxford Nanopore por su agresiva e informativa cobertura en Twitter de sus reuniones.

Y por cierto, ¡recuerda ponerle título a tus documentos! La presentación de PacBio tiene un título que comienza con “Ejemplo de imagen de portada de foto de logotipo integrado; título automáticamente r…” (No sé cómo ver el resto de esta apasionante introducción).

Bueno, eso es una envoltura. Es hora de que mi error tipográfico posterior a la publicación y los verificadores de hechos hagan su trabajo de bienvenida.