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Volver a casa después de asistir a BOSC fue un poco agridulce. Es mi conferencia favorita porque reúne a un grupo de personas muy acogedor, y la lista de charlas generalmente ofrece un gran equilibrio entre aprendizaje técnico y conocimientos para la creación de comunidad. Entonces, en mi vuelo a casa, estaba disfrutando de la dopamina de los buenos tiempos, pero también me estaba poniendo un poco triste porque todo había terminado este año.

Con la ayuda de algunos compañeros entusiastas de BOSC (un reconocimiento especial a Nomi Harris por las notas resumidas del evento, las fotos y la ayuda para reclutar colaboradores), preparé este pequeño resumen de la conferencia, con aspectos destacados y relatos personales aportados por varios otros participantes. No pude incluir todo lo que la gente compartió en la publicación del blog, pero puede encontrar las citas completas en el documento original de google.

El 4-1-1 en BOSC 2022

Si aún no lo conoce, BOSC son las siglas de Bioinformatics Open Source Conference, y acabamos de completar la 23.ª edición: BOSC 2022 — como pista “COSI”, o Comunidad de Interés Especial, dentro del ISMB reunión de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB). Fue una conferencia híbrida, con el componente presencial organizado en la hermosa Madison, Wisconsin (EE. UU.). Se alienta a los presentadores a publicar sus diapositivas y/o carteles como parte del Colección BOSC sobre F1000 Research.

El BOSC de este año incluyó dos conferencias magistrales conjuntas con los COSI de Educación y Bio-Ontologías, que varias personas destacaron como algunas de sus partes favoritas de la conferencia. Dadas las superposiciones en términos de intereses y metodologías entre estos COSI, pensé que era especialmente bueno que el COSI de Educación se llevara a cabo el día anterior al BOSC COSI. Para mi deleite, pude escuchar varias de sus charlas sin tener que tomar decisiones difíciles sobre la preferencia de pista. (Me encantó ver cuántas personas están creando materiales portátiles usando Jupyter Notebooks, en algunos casos con el objetivo explícito de distribuirlos en la nube).

Día 1: Educación, estándares, herramientas y más

El primer día de BOSC propiamente dicho comenzó con una bienvenida de la presidenta Nomi Harris y una descripción general de la organización matriz de BOSC, la Fundación Abierta de Bioinformática, de Chris Fields, quien destacó algunas oportunidades para involucrarse con la OBF. Es posible que me haya ofrecido como voluntario para ser el nuevo editor del Boletín OBF; ¡Sabrás que es real si alguna vez logro publicar el boletín post-BOSC!

La presidenta de BOSC 2022, Nomi Harris, pronuncia el discurso de apertura

El siguiente fue un discurso de apertura conjunto (BOSC/Education COSI) de Jason Williams titulado “Andar en bicicleta: Incluir a todos los científicos en el camino hacia la excelencia”. Jason discutió los principios para hacer que el entrenamiento de formato corto (también conocido como «bootcamps») sea más efectivo y persistente.

El siguiente fue un discurso de apertura conjunto (BOSC/Education COSI) de Jason Williams titulado “Andar en bicicleta: Incluir a todos los científicos en el camino hacia la excelencia”. Jason discutió los principios para hacer que el entrenamiento de formato corto (también conocido como «bootcamps») sea más efectivo y persistente.

Jason Williams pronunció una de las charlas magistrales en BOSC 2022

Déjame hacerte un gran favor aquí y señalarte un versión grabada de la misma charla que Jason publicó en Youtube, porque buscar en Google «jason williams montando en bicicleta» no le dará los resultados que está buscando (a menos que le interesen historias sobre ciclismo con fines benéficos, pero es un Jason diferente). También deberías echar un vistazo a Jason’s entrada de blog en lifesciencetrainers.orgque resume el concepto de los “Principios de la bicicleta” y llama a la participación de la comunidad.

Como comentó Hilmar Lapp, «Jason Williams estableció el tono perfecto con su discurso de apertura: tratar de ser lo más profesional posible en lo que sea que sea importante para usted y para aquellos a quienes afecta su trabajo, y nunca se olvide de reír y reír con regularidad». diviértete mientras lo haces. Un recordatorio oportuno después de que ambos se vieron cada vez más desplazados por una pandemia de otras preocupaciones”.

Después del discurso de apertura, BOSC tuvo sesiones temáticas sobre «Estándares y prácticas para la ciencia abierta», «Herramientas y enfoques de análisis», «Acceso y visualización de datos» y «Estándares para la ciencia abierta».

Hubo demasiadas charlas excelentes para mencionarlas todas, pero diré que me emocionó ver que varias hablaron explícitamente sobre aprovechar GA4GH estándares Brian Repko, haciéndose eco de este sentimiento, llamó a la esquema de fenopaquetes en particular, que proporciona una forma legible por humanos y máquinas para estructurar datos fenotípicos sobre un paciente o individuo. Como Mónica Muñoz-Torres anunció con alegría en su charla, fenopaquetes la versión 2.0 se lanzó a principios de este año como una importante actualización del esquema original, que representa la culminación de una gran cantidad de trabajo, ¡así que felicitaciones al equipo de Phenopackets por su logro!

Durante la sesión de carteles a la hora del almuerzo, los participantes revisaron 42 carteles de BOSC y aprendieron sobre una variedad de herramientas e iniciativas de bioinformática. Se hicieron conexiones, se intercambiaron tarjetas y correos electrónicos, y tal vez el próximo año escuchemos conversaciones sobre nuevas colaboraciones que surgieron aquí.

Festus Nyasimi presentó un póster en BOSC 2022

Día 2: Flujos de trabajo, ontologías e inclusión

El segundo día de BOSC comenzó con una sesión sobre «Sistemas de gestión de flujo de trabajo», que incluyó una serie de charlas relacionadas con CWL, también conocido como Lenguaje de flujo de trabajo común que surgió de un CodeFest de BOSC en 2014. En esa misma sesión, di una charla sobre WDL, el lenguaje de descripción de flujo de trabajo que surgió del grupo de ingeniería de tuberías GATK del Instituto Broad y ahora está administrado por el Proyecto comunitario OpenWDL. Echa un vistazo a mi publicación de blog y grabación (+ diapositivas en F1000) si está interesado en un método para descifrar cualquier flujo de trabajo de WDL que le entregue un perfecto extraño.

La sesión de flujos de trabajo se retrasó por algunos problemas técnicos, pero el presidente de la sesión, Hervé Ménager, mantuvo la calma durante las idas y venidas con el equipo local de A/V. El propio Hervé comentó: «A pesar de los muchos problemas técnicos que tuvimos con la ejecución de la sesión de Sistemas de gestión de flujo de trabajo de BOSC, quedé realmente impresionado con la paciencia y la comprensión de la audiencia y los oradores, quienes hicieron todo lo posible para tratar de mantenernos en pista, para que cada presentador pudiera tener la oportunidad de hablar”. Y es cierto, el público de BOSC se quedó bastante tranquilo cuando las cosas se pusieron difíciles. Ejem.

La sesión después del almuerzo fue una sesión conjunta con Bio-Ontologies COSI, con un discurso de apertura de Melissa Haendel, «La autopista de datos abierta: impulsar el tráfico traduccional con ontologías». Melissa discutió formas de cerrar la brecha de traducción aprovechando la semántica y las ontologías robustas, con la advertencia de que en la mayoría de los casos, si cree que necesita inventar una nueva ontología, en realidad no es así. Su charla fue muy bien recibida y destacada por varias personas como una de las favoritas de la conferencia; aunque por mi dinero, Brian Repko lo dijo mejor: «Mis notas internas para el discurso de apertura de Melissa literalmente dicen ‘SANTA VACA, ESTO ES GENIAL'».

Melissa Haendel pronunció uno de los discursos de apertura de BOSC 2022

BOSC finalizó con un panel titulado «Construyendo y manteniendo comunidades científicas abiertas inclusivas» moderado por Jason Williams, con una lista fantástica de panelistas conocidos por su trabajo para promover la diversidad y la inclusión.

Siendo ellos mismos miembros de grupos que están subrepresentados en nuestro campo, hablaron con elocuencia de los desafíos y oportunidades que todos podemos abordar como comunidad. Como señaló Nicole Vasilevsky, “Jason hizo un gran trabajo facilitando y la discusión fue muy estimulante”. Entre los puntos clave, «el panel nos recordó que todos tenemos mucho más poder de lo que pensamos en hacer espacios acogedores para todos los que quieran entrar», reflexionó Hilmar.

Jason Williams modera el panel de discusión,

El alto nivel de entusiasmo por el panel fue palpable tanto durante el evento como en los comentarios que recopilamos después. Leí esto como una señal clara de que la mayoría de los participantes realmente se preocupan por la inclusión, lo que en sí mismo sugiere que esta comunidad está en el camino correcto.

Como miembro de la comunidad desde hace mucho tiempo, Nomi comentó: «Estoy bastante segura de que este fue el primer BOSC, tal vez incluso el primer ISMB, donde uno de los asistentes era un [service] perro. Lo cual, por supuesto, es excelente de todos modos, pero más en serio, representa un progreso tangible en nuestros esfuerzos para hacer que BOSC sea más inclusivo y accesible”.

Los primeros comentarios de los recién llegados ciertamente parecen alentadores. “Como alguien que se metió en bioinformática justo antes de la pandemia, fue genial estar finalmente cerca de ‘mi gente’”, escribió Bhavesh Patel, participante por primera vez de BOSC, y agregó: “Todas las charlas fueron geniales, pero me encantó especialmente el panel de discusión sobre diversidad e inclusión. Es una iniciativa maravillosa y espero que se convierta en algo frecuente en todas las conferencias”.

Y esa es una muy buena nota para terminar una conferencia, ¿no es así?

Complemento #1: cenas programadas

¡Pero espera hay mas! La gente de BOSC es un grupo sorprendentemente social, para un grupo de nerds de la bioinformática (sin ofender a todos). Entonces, además de la programación de la conferencia diurna, el comité organizador organizó (como lo hace) dos cenas al aire libre para que los participantes de BOSC se reúnan y mantengan las conversaciones.

Algunos de los asistentes a una cena BOSC 2022

Casi todos los que asistieron a las cenas se entusiasmaron con lo geniales que eran, hasta un punto que podría ser desagradable para cualquiera que no fuera; pero te puedo decir por experiencia propia que todo está justificado. Y para ser claros, era «pagar a su manera» (también conocido como billetera BYO), por lo que el entusiasmo no se trataba de obtener una comida gratis a cargo de algún patrocinador corporativo: se trataba de la compañía amistosa y agradable. atmósfera.

“La cena fue […] una gran oportunidad para interactuar con otros participantes en un ambiente relajado”, escribió Bhavesh. Como señaló Nomi, tuvimos mucha suerte con el clima, por lo que pudimos pasar el rato, cenar y socializar en los patios al aire libre hasta bien entrada la noche.

Asistentes a la segunda de dos cenas informales BOSC 2022

Definitivamente había una sensación de que esto se sentía especialmente bien porque todos habíamos estado privados de este tipo de interacción durante más de dos años. Nomi compartió que para ella, “los mejores momentos [of the conference] no fueron las charlas (¡aunque, por supuesto, fueron geniales!) sino las interacciones personales que tanto he extrañado en los últimos años”.

Como señaló Hilmar, “las reuniones sociales de BOSC y el CoFest demostraron cuánto vale el simple hecho de estar juntos de nuevo. No es que no lo supiéramos, pero saber y comprender no siempre son lo mismo”.

Este sentimiento, del que casi todos los que estuvieron allí en persona se hicieron eco de alguna manera, plantea la pregunta de cómo podemos brindar una interacción social de calidad para aquellos en nuestra comunidad que aún no pueden regresar a los eventos en persona, o para aquellos que nunca lo han hecho. podido hacerlo por las circunstancias de su vida o de su geografía. Como Tazro Ohta comentó con elocuencia: “Lo que aprendí durante la pandemia fue: el poder de las reuniones en línea que conectan a las personas y el poder de las diferencias horarias que me impiden asistir a ellas en una zona horaria occidental”.

Ese es un tema que espero que tengamos que explorar a medida que iteramos en los modelos de eventos híbridos que probablemente darán forma al futuro de las reuniones científicas.

Complemento n.º 2: Festival de colaboración (CoFest)

Ok, casi hemos terminado, pero todavía tengo que contarte sobre CoFestun “festival de colaboración” de dos días que se lleva a cabo de manera informal después de la conferencia, en el que un subconjunto de participantes de BOSC se quedan un par de días para trabajar juntos en algunos proyectos.

Esos proyectos pueden implicar codificación, pero también documentación u otras actividades no relacionadas con la codificación, por lo que cualquiera puede contribuir independientemente de su experiencia técnica. De hecho, para mi proyecto CoFest, comencé a trabajar en el próxima edición del boletín OBF. Puede ver el conjunto completo de proyectos que se llevaron a cabo en el CoFest de este año en el presentación de diapositivas de actualización de estado. De los seis proyectos que se propusieron este año, tres fueron trabajados por participantes remotos de CoFest, mientras que los otros tres fueron trabajados por el grupo presencial.

Aquellos de nosotros que asistimos a CoFest en persona trabajamos en la Biblioteca Pública de Madison el primer día, y tuvimos una pequeña y agradable reunión social al atardecer en el paseo marítimo con cerveza y mocosos. El segundo día, nos trasladamos al aeropuerto para adaptarnos a la amplia gama de horarios de salida del grupo, y “cofestamos” de diversas formas desde la sala de preseguridad, desde nuestras respectivas puertas y desde el aire, porque a veces es tan difícil dejar que una buena cosa vaya.

Participantes en persona en el CollaborationFest 2022
CoFesting en persona desde el salón del aeropuerto de Madison. ¡No me juzguen, solo me quité la máscara para la foto!

En mi experiencia, CoFest se trata tanto de construir una comunidad como de avanzar en un proyecto. Como Bhavesh, nuestro primer participante de BOSC que también asistió al CoFest, observó: “El cofest fue mi parte favorita, ya que proporcionó un entorno muy informal para conocer a todos los participantes a nivel personal. También me brindó una oportunidad única de conversar personalmente con expertos en el campo y obtener retroalimentación individual sobre mi trabajo”. De hecho, agregó: «¡Recomendaría encarecidamente a cualquier persona nueva en BOSC que se una al cofest!»

Así que no pierda la oportunidad de divertirse y asegúrese de agregar BOSC a su lista de conferencias imprescindibles para el próximo año (ya sea de forma remota o en persona). BOSC 2023 será parte de ISMB/ECCB 2023 y se llevará a cabo en Lyon, Francia, entre el 23 y el 27 de julio (fechas exactas por determinar).

¡Espero verte allí/en pantalla!


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