Llamado de nuevo a Londres otra vez

Después de una pausa demasiado larga inducida por la pandemia, estoy en el Reino Unido para la edición de este año de London Calling. Me convencí de no ir el año pasado con mucha antelación, lo que hubiera sido interesante ya que mis pruebas rápidas seguían dando positivo sobre el tiempo que habría necesitado para volar desde Boston sobre el Atlántico. Y aunque he estado mirando de forma remota, he sido pésimo durante el último año al escribir algo al respecto. Lo cual fue una tontería de mi parte ya que ONT ha estado pasando por una transición interesante.

Lo que ha estado sucediendo durante el último año es un gran giro corporativo a medida que Oxford estandariza la química del Kit 14. Alrededor de fin de año, nada más debería estar disponible. Esto simplificará en gran medida la oferta de la línea de productos de Oxford, que debería tener muchos beneficios: un grado significativo menos de confusión para los nuevos usuarios y también un desafío menor para que ONT envíe los productos correctos cuando los solicite (digamos que he visto el sucede lo contrario con demasiada frecuencia). Mientras ocurre este giro, ONT se ha centrado sorprendentemente en esto y la cantidad de otros cambios en la plataforma ha sido modesta, aunque ciertamente hay otros y también son interesantes.

Una ventaja clave de Kit14 sobre las químicas anteriores es, en general, una mayor precisión y afirmaciones de rendimiento cada vez más audaces para la secuenciación dúplex. Hay dos giros interesantes en el frente de la precisión.

Primero, ONT había dicho originalmente hace un año que la mejor precisión requeriría reducir sustancialmente las velocidades de translocación de nanoporos, lo que inherentemente reduce el rendimiento. Entonces, el mensaje era: elija alta precisión o alto rendimiento. Luego, en la reunión comunitaria de diciembre, emitieron un “no importa”: con más datos para entrenar sus modelos, las velocidades de translocación de más de 400 bases por segundo pueden generar datos similares de alta precisión.

En segundo lugar, ONT demostró parte de la previsión en el diseño de la plataforma y cómo los diferentes cambios a lo largo del año ahora están convergiendo para permitir un rendimiento aún mejor. Sus dispositivos habían usado frecuencias de muestreo de 4Khz, pero el hardware subyacente se puede mejorar para frecuencias más altas, por lo que pronto 5Khz será el estándar. Con tasas de muestreo más altas, ONT confía en que pueden ofrecer llamadas base de mayor precisión con modelos entrenados en estas tasas. Pero no debe olvidarse que un paso clave para permitir un muestreo más alto, lo que significa más datos, es el cambio del formato FAST5 al formato POD5, que no solo es más compacto sino que también es más capaz de manejar grandes cantidades de datos.

Vale la pena señalar que si tenía un MinION anterior, seguirá funcionando, al igual que un MiSeq que compró al mismo tiempo. Pero MinION casi no necesita mantenimiento, mientras que MiSeq sí lo necesita, y quizás lo más importante es que las especificaciones de rendimiento de MinION siguen aumentando, pero MiSeq no ha visto ninguna actualización o kit nuevo en mucho tiempo. Está saliendo una nueva versión del MinION, con un estilo más elegante, mejor control de la temperatura y la capacidad de colocarse en una base especial para habilitar la ejecución desde un iPad, pero no se verá obligado a retirar sus MinION clásicos.

Sospecho que gran parte del enfoque en esta reunión se centrará en las tasas y los rendimientos de la impresión dúplex. ONT ha estado ofreciendo a sus desarrolladores selectos celdas de flujo “high duplex”; presumiblemente, la reunión se utilizará como foro para anunciar una mayor disponibilidad. ONT ha mantenido en secreto cómo estas celdas de flujo permiten tasas de dúplex más altas. También será interesante ver cómo ONT respaldará la demanda de los clientes de dúplex alto y bajo: la precisión dúplex es excelente, pero reduce inherentemente el rendimiento y para ciertas aplicaciones (particularmente aplicaciones de ) el rendimiento es mucho más importante.

Seguro que habrá mucho más. La ONT ha mostrado un prototipo de dispositivo para la lectura de ADN libre de células directamente de la sangre. Es un concepto divertido, pero aún está por verse si logrará la sensibilidad necesaria para competir en este espacio, o si el mercado y los reguladores están listos para un dispositivo de este tipo en entornos de punto de atención. No sería sorprendente si ONT se siente lo suficientemente confiado en el pivote Kit14 para comenzar a expandir la línea de productos nuevamente con los nuevos ASIC prometidos durante mucho tiempo para admitir elementos de secuenciación pequeños (SmidION) o en matriz (Plongle).

Así que estad atentos, ¡os prometo que escribiré esta reunión!