Illumina relanza el motor de correlación, apostando por la necesidad de herramientas informáticas ‘Omics

Por Allison Proffitt

11 de mayo de 2023 | Illumina está relanzando su BaseSpace Correlation Engine, ahora simplemente Illumina Correlation Engine, ya que la empresa de secuenciación enfatiza la conexión de sus componentes informáticos, dijo Mike LeliveIt, vicepresidente de gestión de productos. Bio-IT Mundo. “Lo que la gente quiere ahora es que los componentes se comuniquen entre sí para poder realizar el trabajo y no tener que construir herramientas. Nuestro cambio a Illumina Connected Software realmente representa la importancia de lo que estamos construyendo”.

Nota del editor: Anushka Brownley, directora asociada, gestión de productos, Illumina hablará sobre “Potencial de datos ómicos para el descubrimiento de biomarcadores y optimizar las operaciones de laboratorio” en una sesión de almuerzo en la Bio-IT World Conference & Expo el jueves 18 de mayo, en la pista de Tecnologías de análisis y ciencia de datos.

Correlation Engine es una colección de bases de conocimiento seleccionadas que Illumina adquirió en 2013 con la adquisición de NextBio. Durante una década, el equipo de conservación de Illumina ha estado analizando conjuntos de datos públicos y bibliografía publicada sobre interacciones biológicas. “Además de esta colección de bases de conocimiento, tenemos herramientas analíticas que están realmente diseñadas para identificar correlaciones entre estas entidades biológicas”, explica Lelivelt.

Lelivelt considera que el motor de correlación se ajusta al final del Tubería de software conectado de Illumina que comienza con Clarity LIMS en el laboratorio, incluye instrumentación y software DRAGEN, y agrega Connected Analytics y Connected Insights.

Correlation Engine toma los resultados del descubrimiento y permite a los investigadores preguntar: “¿Qué más puedo averiguar sobre esta lista de cosas que ejecuté en el experimento? ¿Qué sucede con esta lista en otras muestras, otros tejidos? ¿Causa estados de enfermedad similares?… ¿Ves un patrón en diferentes organismos modelo?” Lelive, explica. “Es esa correlación la que ayuda a impulsar el descubrimiento de la genómica”.

Si bien este tipo de correlación siempre ha sido valiosa (y, de hecho, Correlation Engine ha sido constantemente poblado con datos y utilizado por los investigadores), Lelivelt argumenta que estamos en una era de mayor valor gracias a la variedad de datos ómicos ahora disponibles.

“Ahora estamos llegando a datos más precisos. Lo que sucedió durante la última década es en el nivel de ARN, pasamos de ‘Puedo medir el nivel medio de un montón de células’ a ‘Puedo medir la expresión de cada tipo de célula diferente e identificarla’. La celda única revolucionó la cantidad de información que se proporcionó para muchos experimentos de descubrimiento, y ahora el espacio incluye relaciones de celda a celda… Ese es un nivel de información completamente diferente”.

El volumen actual de datos de las ciencias de la vida hace que las herramientas como Correlation Engine sean cada vez más valiosas, dice Lelivelt.

“Sin herramientas para unir todo esto (proporcionar algoritmos para dejar que las cosas floten hasta la cima y permitir que los humanos vean las interacciones), es difícil explotarlo. Es la iteración continua de cuán importantes son estas herramientas algorítmicas para nuestra comprensión de estos complejos sistemas biológicos que observamos”.