Illumina presenta NextSeq 1000 y NextSeq 2000

La semana pasada en la JP Morgan Healthcare Conference, Illumina presentó sus nuevos secuenciadores, NextSeq 1000 y NextSeq 2000.

Fortalezas: NextSeq 1000 y 2000 usan celdas de flujo con patrones similares al sistema NovaSeq 6000 que ofrecen la celda de flujo de mayor densidad de grupos de cualquier sistema NGS en el mercado. Para aprovechar al máximo estas celdas de flujo de mayor densidad, cuentan con un novedoso sistema óptico de súper resolución que está optimizado para aumentar el brillo del grupo, reducir la diafonía entre canales y mejorar la relación señal-ruido. Esto debería aumentar la producción y reducir el costo por ejecución en comparación con el modelo anterior de NextSeq (1). El sistema utiliza flúor, que excita y emite con longitudes de onda azules y verdes.

La principal diferencia entre las capacidades de NextSeq 1000 y 2000 es que solo el 2000 podrá manejar la celda de flujo P3 más grande. Para comparar las celdas de flujo P2 y P3 con una longitud de lectura de 2 × 150, la celda de flujo P2 producirá una cantidad similar de grupos que el kit NextSeq 550 Hi Ouptut para un tiempo de ejecución similar. La celda de flujo P3 producirá una cantidad de grupos que se encuentra entre las celdas de flujo SP y S1 de NovaSeq, aunque el tiempo de ejecución es más largo, lo que probablemente se deba a la nueva tecnología de súper resolución. Según Illumina, NextSeq 2000 tendrá un costo de $20 por Gb y NextSeq 1000 tendrá un costo de $30 por Gb (2).

Con respecto al análisis de datos descendentes, estos nuevos secuenciadores también vienen con el sistema DRAGEN, que está integrado y basado en la nube. La plataforma Bio-IT DRAGEN (Dynamic Read Analysis for GENomics) permitirá a nuestros proveedores automatizar una variedad de análisis genómicos, incluida la conversión BCL, el mapeo, la alineación, la clasificación, el marcado duplicado y la llamada de variantes. Según Illumina, los resultados se pueden generar en tan solo 2 horas (1).

En el lado del banco húmedo, los reactivos NextSeq 1000 y 2000 también reducirán el volumen de las reacciones de secuenciación. Esta reducción de volumen debería disminuir los desechos y minimizar los requisitos de almacenamiento físico. Por ejemplo, un cartucho incluye todos los reactivos, fluídica y el contenedor de desechos (1), lo que simplificará la carga de bibliotecas y el uso de instrumentos. Esto debería aumentar la eficiencia, reducir la posibilidad de error del usuario, reducir los costes de secuenciación, mejorar la reciclabilidad y minimizar el volumen de residuos. Idealmente, estos ahorros de costos se trasladarán a nuestros clientes.

Aplicaciones: Según Illumina, las nuevas aplicaciones disponibles en NextSeq 1000 y 2000 son la secuenciación pequeña del genoma completo, la secuenciación del exoma completo y el ARN-Seq de una sola célula (1), aplicaciones útiles para la investigación en oncología, enfermedades genéticas, salud reproductiva, agrogenómica, etc.

Como algunos ejemplos de análisis, el nuevo canal de enriquecimiento de DRAGEN se puede aplicar a la secuenciación del exoma completo y la resecuenciación dirigida con alineación, llamadas de variantes pequeñas, llamadas de variantes somáticas, llamadas de SV/CNV y archivos de manifiesto personalizados. DRAGEN RNA Pipeline se puede aplicar a la expresión génica del transcriptoma completo y la detección de fusión génica con alineación, detección de fusión y expresión génica. Otras canalizaciones estandarizadas de DRAGEN incluyen DRAGEN-GATK, paneles dirigidos de ADN/ARN y secuenciación unicelular. Una lista más completa es disponible aquí.

Fecha de lanzamiento: El NextSeq 2000 está disponible para ordenar ahora, pero tanto el NextSeq 2000 como el 1000 solo estarán disponibles para su envío en el cuarto trimestre de 2020. El NextSeq 1000 tiene un precio de lista de $ 210,000 y el NextSeq 2000 tiene un precio de lista de $ 335,000 (2). Ya hemos agregado las especificaciones del instrumento a nuestra base de datos, por lo que los proveedores pueden comenzar a enumerar sus servicios NextSeq 1000 y 2000 tan pronto como estén listos.

En general, los nuevos NextSeq 1000 y 2000 parecen actualizaciones de escritorio sólidas y también un buen campo de pruebas para la nueva tecnología de súper resolución. Si va bien, puede haber una versión mejorada de la presentación de NovaSeq en el futuro.

Fuente del artículo

Deja un comentario