El segundo hackathon del Ecosistema de Datos del Fondo Común

dom 01 mayo 2022

Por Rayna Harris y Jessica Lumian

En la enseñanza.

etiquetas: CFDE

Nos complace anunciar que el Ecosistema de datos del fondo común de los NIH organizará un hackathon en Fondo Común NIH conjuntos de datos del 9 al 13 de mayo! Esto sigue a nuestro primer hackathon (ver resumen de la publicación del blog).

Este hackathon tiene trabajo tanto sincrónico como asincrónico, con sesiones de hackathon concentradas en conjuntos de datos específicos y sesiones de trabajo conjunto el jueves. Los participantes pueden asistir a las sesiones de hackathon que les interesen. No hay un requisito mínimo de trabajo, ¡todos son bienvenidos a participar tanto como lo permitan los horarios y el interés!

Consulta nuestra programación y encuentra más información sobre este evento aquí: https://nih-cfde.github.io/2022-may-hackathon/

Regístrese para el hackathon aquí: https://www.nih-cfde.org/events/may-2022-hackathon/

Beneficios del hackatón:

  • ¡Adquiera experiencia con conjuntos de datos del Fondo Común y tenga acceso a curadores de conjuntos de datos!
  • ¡Vea un producto inmediato de una breve ráfaga de esfuerzo concentrado!
  • ¡Conozca a investigadores con intereses comunes y potencialmente estimule colaboraciones o esfuerzos de financiación!

Detalles de la sesión del fondo común

Gabriella Miller Kids First Programa de Investigación Pediátrica

El objetivo del Programa de investigación pediátrica Kids First de Gabriella Miller es ayudar a los investigadores a descubrir nuevos conocimientos sobre la biología del cáncer infantil y los defectos congénitos estructurales, incluido el descubrimiento de vías genéticas compartidas entre estos trastornos.

Kids First organizará una sesión sobre el acceso y el uso de datos de gráficos federados del Ecosistema de Datos del Fondo Común a través de la base de datos de gráficos del Programa Kids First-Human BioMolecular Atlas con una API.

Estimular la actividad periférica para aliviar las condiciones

El programa Estimulación de la actividad periférica para aliviar las condiciones (SPARC) del Fondo Común acelera el desarrollo de dispositivos terapéuticos que modulan la actividad eléctrica en los nervios para mejorar la función de los órganos.

SPARC organizará una sesión sobre el suministro de información sobre el acceso a los recursos de SPARC a través del portal de SPARC y las API asociadas.

Proyecto Microbioma Humano

El proyecto Human Microbiome tiene datos de secuenciación de ADN para caracterizar el microbioma en adultos sanos y personas con enfermedades específicas asociadas al microbioma. También contiene conjuntos de datos integrados con múltiples proyectos biológicos del microbioma y host a lo largo del tiempo para enfermedades específicas asociadas al microbioma.

Una sesión sobre los datos del Proyecto Microbioma Humano implicará obtener estos datos del portal de búsqueda del Ecosistema de Datos del Fondo Común y trabajar con ellos utilizando Amazon Web Services.

Portal de búsqueda del ecosistema de datos del Fondo Común

El Centro de Coordinación del Ecosistema de Datos del Fondo Común apoya los esfuerzos para hacer que los conjuntos de datos del Fondo Común sean más fáciles de encontrar, accesibles, interoperables y reutilizables para la comunidad científica a través de la colaboración, la capacitación del usuario final y la sostenibilidad del conjunto de datos.

La Demostración del Portal del Ecosistema de Datos del Fondo Común será una sesión de demostración sobre cómo acceder a los datos en el Portal.

Taller de introducción a R para análisis de RNA-Seq

La secuenciación de ARN (RNA-Seq) es un método popular para determinar la presencia y la cantidad de ARN en muestras biológicas. En este taller de 3 horas, usaremos R para explorar datos de RNA-Seq disponibles públicamente del Proyecto de tejido de expresión génica (GTEx). Los asistentes conocerán la sintaxis, las variables, las funciones, los paquetes y las estructuras de datos de R comunes a los proyectos de RNA-Seq. Usaremos RStudio para importar, ordenar, transformar y visualizar datos de recuento de RNA-Seq. Los asistentes aprenderán consejos y trucos para hacer que los procesos de disputa y armonización de datos sean más manejables. Este taller no cubrirá los flujos de trabajo basados ​​en la nube para procesar lecturas de RNA-seq o estadísticas y modelado porque estos temas se tratan en nuestros talleres Conceptos de RNA-Seq y RNA-Seq en la nube. Más bien, este taller se centrará en los conceptos generales de R aplicados a los datos de RNA-Seq. No se requiere familiaridad con R, pero sería útil.

Nivel de habilidad del participante:

El hackathon está abierto al público y cualquiera puede asistir. A pesar del nombre “hackathon”, ¡los participantes no necesitan ser expertos en informática! El criterio más importante es el interés en los conjuntos de datos, y cierta familiaridad con la línea de comandos y GitHub es útil pero no obligatoria.

Consulta nuestra programación y encuentra más información sobre este evento aquí: https://nih-cfde.github.io/2022-may-hackathon/

Regístrese para el hackathon aquí: https://www.nih-cfde.org/events/may-2022-hackathon/

¡No dude en ponerse en contacto con [email protected] si tiene alguna pregunta!

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