El futuro de la bioinformática en 2023

¿Quiere saber qué depara el futuro de la bioinformática? ¡Aquí discutimos las nuevas tendencias en bioinformática que se esperan en 2023! Encuestamos a nuestro gran equipo de bioinformáticos expertos para averiguar cuáles son sus predicciones bioinformáticas para los próximos 12 meses. Esto es lo que tienen que decir:

Bioinformática 2023: predicciones clave

La secuenciación unicelular seguirá creciendo en popularidad

Una de las predicciones clave en nuestro blog Predicciones de Bioinformática 2022 fue que aumentaría el uso de tecnologías de secuenciación unicelular. Aquí en Fios Genomics, ese fue sin duda el caso. De hecho, los análisis unicelulares fueron algunos de nuestros análisis más populares el año pasado, como puede ver en nuestro blog en Bioinformatics Trends 2022. Este año, nuestros bioinformáticos predicen que las tecnologías de secuenciación de células individuales serán aún más populares.

En particular, nuestro equipo predice un aumento en los análisis de datos existentes de una sola celda a los que se puede acceder desde bases de datos y repositorios públicos. Algunos bioinformáticos de Fios están especialmente interesados ​​en cómo continúa desarrollándose la tecnología de secuenciación de ARN unicelular (scRNA) y comentaron que ya está mejorando nuestra comprensión de la expresión génica a un nivel de granularidad sin precedentes. Dado que este es el caso, predecimos que 2023 verá la creación de nuevos métodos para revelar información a partir de datos de scRNA, especialmente datos generados a partir de tejidos en un sentido estructural o 3D.

El futuro de la bioinformática incluirá el análisis de secuenciación de proteínas de molécula única

Siguiendo con el tema de comprender las cosas a nivel granular, el análisis de secuenciación de proteínas de molécula única es una posible nueva tendencia a tener en cuenta en bioinformática en 2023. Se han desarrollado algunas técnicas de secuenciación de proteínas de molécula única en los últimos años y 2023. bien puede ser el año en que realmente despeguen. Dos tecnologías particulares a tener en cuenta son la fluorosecuenciación¹ y secuenciación de proteínas de una sola molécula en dispositivos semiconductores². Si desea obtener más información sobre la secuenciación de proteínas de molécula única, le recomendamos este artículo de Nature como punto de partida.

Bioinformática Últimos temas de investigación

En 2023, nuestros bioinformáticos predicen que veremos mucha más investigación en transcriptómica espacial e inmunoterapias para el cáncer.

Transcriptómica espacial

Nuestro equipo participa cada vez más en debates sobre transcriptómica espacial con los clientes, poniendo este método de creación de perfiles firmemente en su radar. En la actualidad, los conjuntos de datos de transcriptómica espacial públicos son pocos y distantes entre sí. Sin embargo, nuestros bioinformáticos predicen que esto cambiará en 2023. Esperan que más empresas e instituciones inviertan en tecnologías de generación de datos de genómica espacial este año. A su vez, esto conducirá a un aumento en los conjuntos de datos de transcriptómica espacial disponibles públicamente durante los próximos 12 meses.

A medida que la elaboración de perfiles espaciales se vuelve más popular, algunos de nuestros bioinformáticos sugieren que veremos más métodos desarrollados en esta área. Una sugerencia fue que se desarrollarán métodos de mayor rendimiento para la elaboración de perfiles espaciales en proteómica en particular.

Inmunoterapia para el cáncer

La inmunoterapia para el cáncer es un área de investigación de rápido crecimiento y periódicamente se anuncian nuevos desarrollos. Por ejemplo, solo en enero de 2023, un la inmunoterapia personalizada contra el cáncer ha recibido una designación de vía rápida de la FDA. Además, la investigación ha revelado que la inmunoterapia antes de la cirugía puede ser notablemente eficaz para el cáncer colorrectal pacientes Más desarrollos como estos conducirán a más investigación, lo que a su vez dará como resultado más datos que requieran análisis bioinformático.

El futuro de la bioinformática: 2023 y más allá

Datos, datos y más datos

Todos los días, el volumen de datos biológicos disponible para los investigadores aumenta y los conjuntos de datos biológicos individuales continúan creciendo en tamaño. Este creciente volumen de datos está causando problemas con el almacenamiento, la transferencia y el procesamiento de datos. Por ejemplo, a medida que los investigadores observan muestras y tejidos en mayor resolución, utilizando, por ejemplo, métodos de una sola célula, la cantidad de datos generados a partir de un experimento aumenta enormemente; y los métodos de secuenciación se utilizan cada vez más en lugar de alternativas de menor volumen. Para resolver estos problemas, en 2023 es probable que seamos testigos del desarrollo de nuevas herramientas y tecnologías para ayudar a administrar, almacenar y analizar grandes volúmenes de datos. Como equipo que analiza grandes conjuntos de datos a diario, los bioinformáticos de Fios Genomics reconocerán y adaptarán rápidamente dichas tecnologías.

El auge de ChatGPT

ChatGPT de OpenAI es un chatbot basado en inteligencia artificial que puede responder a indicaciones y preguntas de manera conversacional. Sus aplicaciones varían desde responder consultas de servicio al cliente hasta escribir rutinas de comedia stand-up. Pero, ¿qué significa para la bioinformática?

Hay algunas formas en las que nuestro equipo de bioinformática espera que ChatGPT impacte en la bioinformática. Aunque lejos de ser una solución perfecta (hasta ahora), el chatbot se puede usar para escribir y depurar código. Dado que la codificación es uno de los pilares fundamentales de la bioinformática, es probable que muchos bioinformáticos prueben ChatGPT en algún momento, al menos para satisfacer su curiosidad, al menos.

Para satisfacer nuestra curiosidad en Fios Genomics, le preguntamos a ChatGPT qué innovaciones en ciencia de datos deberíamos esperar en 2023. Esto es lo que dijo el chatbot:

No está mal para un robot.

En general, esperamos mucho revuelo en torno al uso de ChatGPT en bioinformática en 2023. Sin embargo, queda por saber si ese murmullo desaparecerá a medida que desaparezca la novedad, o si ChatGPT se convertirá en una parte integral y aceptada del conjunto de herramientas de un bioinformático. visto.

El futuro de la bioinformática: desafíos clave

Volumen de datos

En pocas palabras, el mayor desafío que prevé nuestro equipo en bioinformática en 2023 es el volumen de datos. Ya hemos mencionado los problemas que esto causará en la gestión de datos en términos de almacenamiento, transferencia y procesamiento. Además, la integración de datos será un desafío clave. Tome datos ómicos, por ejemplo, donde es posible generar muchos tipos diferentes de datos a partir de las mismas muestras de un solo estudio. Sin embargo, en bioinformática, todavía no existe un enfoque estandarizado para el análisis integrado de esos tipos de datos.

Acceso a los datos

Otro desafío clave es el acceso a los datos. Por ejemplo, aunque esperamos que la transcriptómica espacial sea uno de los temas de investigación clave este año, todavía faltan conjuntos de datos de transcriptómica espacial disponibles. Esto no ayuda a los científicos a familiarizarse con este tipo de datos y el valor que puede agregar a su investigación.
Además, aunque hay una gran cantidad de conjuntos de datos biológicos generados en la industria de la salud en general, muchos de ellos son retenidos por IP por los generadores de datos y, por lo tanto, son inaccesibles.

Nuestras esperanzas para el futuro de la bioinformática

Además de predecir lo que sucederá en bioinformática en 2023, preguntamos a nuestros bioinformáticos qué les gustaría que sucediera. Hemos enumerado las respuestas más comunes a continuación. ¡Con suerte, veremos algunos avances en cada una de estas áreas este año!

• La creación de más métodos de descubrimiento basados ​​en el aprendizaje automático
• Más uso de los estudios de asociación del genoma completo (GWAS) para comprender las enfermedades, lo que lleva a más terapias para los pacientes
• Adopción más amplia de métodos de secuenciación de alta resolución

¡Gracias por tomarse el tiempo de leer nuestra predicción bioinformática para 2023! Además, nos gustaría agradecer a nuestros bioinformáticos de Fios Genomics por compartir sus conocimientos y hacer posible este blog.

Si desea hablar sobre bioinformática con el equipo de Fios con más detalle, ¡contáctenos hoy! Siempre nos complace asesorar sobre cómo los enfoques bioinformáticos pueden hacer avanzar la investigación preclínica, clínica, ambiental y agrícola.

Ver también:

Bioinformática 2022: nuestras predicciones

El futuro de la genómica

Tendencias en Bioinformática 2022

El problema de la diversidad de los ensayos clínicos

Fuentes

¹ Swaminathan, J.et al. Naturaleza Biotecnología. 36, 1076-1082 (2018)

² Reed, BD et al. Ciencia 378, 186-192 (2022)