¿CUÁL ES LA RESPUESTA? (PROYECTOS PRINCIPIANTES A RECOGER)

La discusión destacada de esta semana aborda el tema de pequeños proyectos para personas que recién comienzan su capacitación en bioinformática, o posiblemente una transición de carrera a una nueva área. Es un problema que ha surgido varias veces, y creo que esta nueva idea para conectar a los estudiantes y los proyectos es buena.

Biostars es un sitio para preguntar, responder y discutir preguntas y problemas de bioinformática. Somos miembros de la comunidad y lo encontramos muy útil. A menudo surgen preguntas y respuestas en Biostars que están relacionadas con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos de genómica). Todos los jueves destacaremos uno de esos elementos o discusiones aquí en este hilo. Puede hacer preguntas en este hilo, o siempre puede unirse a Biostars.

Soy un científico informático/desarrollador experimentado que busca ingresar al campo, y contribuir con el código abierto parece ser una de las primeras sugerencias que la gente hace para comenzar en bioinformática.

Me preguntaba si alguien tenía alguna recomendación para proyectos de software de código abierto a los que valiera la pena contribuir, particularmente aquellos que podrían tener alguna fruta al alcance de la mano o que realmente necesitan ayuda. ¿Hay alguna herramienta que ustedes estén usando en este momento que realmente necesite la característica X o es usted un mantenedor de proyectos que necesita una excavación? La dificultad que tengo es que debido a que no estoy trabajando con estas herramientas todos los días, no tengo la mejor vista de las herramientas de uso común y sus problemas asociados.

Entonces, si alguien tiene alguna sugerencia, intentaré incluir algunas contribuciones de OSS con mis propios trabajos de contratación / estudio biográfico de tiempo libre. Mi experiencia en programación es Java, Javascript, Python, PHP y estoy aprendiendo algo de R en este momento mientras hago algunas especializaciones en Coursera. He hecho un poco de administración de sistemas si el trabajo involucraba sistemas distribuidos/agrupación del lado del servidor, etc.

La respuesta con la idea de «¡Recógeme!» tag me pareció un buen sistema para este tipo de cosas. Quizás otros también podrían implementar este tipo de etiqueta en sus proyectos, si tienen pequeñas tareas adecuadas. Así que pensé en aumentar un poco la conciencia de eso, en caso de que alguien venga a nosotros en busca de «pequeños proyectos académicos en bioinformática» nuevamente. Espero que encuentren algunos. Sigo pensando que es una necesidad de ambos lados.

El Video Tip of the Week de esta semana es Aquaria, un nuevo recurso para explorar estructuras de proteínas, mutaciones y similitudes con otras proteínas. Es una experiencia muy bien diseñada e interactiva para los usuarios finales. Está dirigido principalmente a biólogos que podrían beneficiarse de la exploración de los detalles estructurales de sus proteínas de interés, pero que se sienten intimidados por las herramientas destinadas a los biólogos estructurales. Pero para los desarrolladores de herramientas, también deben ver cómo fue este lanzamiento. Es uno de los mejores ejemplos de lanzamiento de una herramienta que he visto en este campo. Y he visto mucho.

Así que primero, la herramienta. Aquaria ofrece a los usuarios una forma simplificada de acceder y explorar estructuras de proteínas. Combinando los tipos de información que obtiene de los recursos de la estructura PDB y detalles adicionales como las mutaciones UniProt. Actualmente, comienza con una búsqueda básica solicitando una proteína por nombre, PDB o UniProt ID. Han precalculado las relaciones de proteínas en PDB y Swiss-Prot para ofrecerle rápidamente una estructura y proteínas relacionadas. El documento señala: «Actualmente, Aquaria contiene 46 millones de alineaciones precalculadas de secuencia a estructura, lo que da como resultado al menos una estructura coincidente para el 87 % de las proteínas Swiss-Prot y una mediana de 35 estructuras por proteína…». Además, le permite explorar otras características biológicas importantes, como los dominios InterPro, las modificaciones postraduccionales, para que pueda pensar en cómo las mutaciones + estructuras + funciones impactan en una proteína determinada que le interesa. Tal como lo describen:

“Hemos cargado datos SNP de Uniprot e Interpro para que pueda ver dónde se encuentran las mutaciones en su modelo 3D. ¡Y hemos descubierto que puede sorprenderse gratamente al encontrar sus mutaciones agrupadas en el espacio 3D!

Otra característica útil que proporcionaron es una tarjeta de referencia rápida con accesos directos a las funciones [PDF]. Además de esta introducción, también tienen un video más largo. Esto es más como una lección típica con los antecedentes, el marco, los objetivos del proyecto y más sobre la base de datos subyacente.

Ahora, esto del lanzamiento de este proyecto de software. Lo encontré cuando estaba revisando las charlas en la próxima conferencia VIZBI (Visualización de datos biológicos). Cada año descubro que hay ideas increíbles que surgen de VIZBI y herramientas que quiero explorar. Entre ellos este año está Aquaria. Así que busqué más detalles y encontré algunas de las cosas tradicionales. El documento (abajo), el comunicado de prensa, etc. Y luego encontré la discusión de Reddit. El equipo de Aquaria realizó un Science AMA sobre esta herramienta. Involucró a una variedad de personas, algunas personas simplemente fanáticos de la ciencia que probablemente nunca antes habían visto estructuras de proteínas. Eso está bien para mí: más personas que aprecian la investigación y aprenden cómo los investigadores exploran las proteínas es algo bueno. Pero otros tenían buenas preguntas técnicas para el equipo, como otras formas de encontrar proteínas de interés con búsquedas de secuencias o la integración con otras herramientas como UCSC Genome Browser. Todas las respuestas están ahí. Disfruté la pregunta sobre el nombre de la herramienta:

Parece que entiendes las ideas que teníamos en mente: el uso de Aquaria nos permite observar estas fascinantes criaturas (proteínas) del mundo natural. Aquaria crea un ambiente e iluminación artificial donde podemos observar proteínas aisladas; Al igual que los peces de acuario, las proteínas suelen ser hermosas y (por lo general) viven en el agua.

Les pregunté cómo se desarrolló esto, y tuvieron ~1000 personas que visitaron su sitio como resultado de este evento de Reddit. Eso fue realmente interesante para mí, y una ruta muy buena para generar conciencia.

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