Bioinformática
El segundo hackathon del Ecosistema de Datos del Fondo Común
dom 01 mayo 2022 Por Rayna Harris y Jessica Lumian En la enseñanza. etiquetas: CFDE Nos complace anunciar que el … Leer más
Viaje a la conferencia ISMB/BOSC 2022
Publicado el 1 de agosto de 2022 por Festus Nyasimi El programa de becas de eventos de la Open Bionformatics … Leer más
Duodécimo año: Python – blog de Dave Tang
Ahora que este blog entra en su duodécimo año, finalmente estoy usando Python en lugar de Perl como mi lenguaje … Leer más
Método de detección del virus de la peste porcina africana
La peste porcina africana (PPA) es una enfermedad infecciosa contagiosa causada por el virus de la peste porcina africana (ASFV) … Leer más
Análisis bioinformático de las interacciones entre el virus de la viruela del simio y la célula huésped
Aunque la infección por el virus de la viruela del simio se encontró predominantemente en África occidental y central, desde … Leer más
Aleatorización mendeliana profunda: investigando el conocimiento causal de los modelos genómicos de aprendizaje profundo
Citación: Malina S, Cizin D, Knowles DA (2022) Aleatorización mendeliana profunda: investigación del conocimiento causal de los modelos genómicos de … Leer más
Filtros bilaterales conjuntos entrenables para mejorar la estabilidad de predicción en TC de dosis baja
Las redes neuronales artificiales generalmente se entrenan a través de la optimización del descenso de gradiente al minimizar una métrica … Leer más
Clasificación de entropía de datos de secuenciación de ARN de una sola célula para distinguir la heterogeneidad celular significativa del ruido técnico o biológico
Un equipo dirigido por investigadores del Wellcome-MRC Instituto de Células Madre de Cambridge ha desarrollado la clasificación por entropía (ES), … Leer más
BRENEnet: integración de redes multicapa para la integración de datos ómicos | BMC Bioinformática
Rodríguez-Navarro S, Hurt E. Vinculación de la regulación génica con la producción y exportación de ARNm. Curr Opin Cell Biol. … Leer más
Illumina presenta una nueva flota de instrumentos de secuenciación
18 de octubre de 2022 | El reciente Illumina Genomics Forum ocasionó el lanzamiento de varios productos revolucionarios, incluido el … Leer más
Video tutorial: Bioconductor y acceso a datos NCBI GEO
De nuestra serie de Talleres de Bioinformática IIHG: La publicación Video tutorial: Bioconductor y acceso a datos NCBI GEO apareció … Leer más
La hipótesis de los bienes públicos |
24 de junio de 2020 Comentarios desactivados Autores James O McInerney, Fiona J Whelan, María Rosa Domingo-Sananes, Alan McNally, Mary … Leer más
Hola WDL (lenguaje de descripción de flujo de trabajo)
Esta es una nota rápida sobre mi primera WDL flujo de trabajo (lenguaje de descripción de flujo de trabajo) https://software.broadinstitute.org/wdl/. … Leer más
Raza, genética y pseudociencia: un explicador
Ewan Birney, Jennifer Raff, Adam Rutherford, Aylwyn Scally La genética humana nos informa sobre las similitudes y diferencias entre las … Leer más
Comentarios
He tenido que desactivar los comentarios del blog. Ya nada más que spam. El intrépido lector podrá encontrarme. Pista: +»9″ … Leer más
CoreGenomics: 10X actualizaciones de genómica
Hoy tuvimos un seminario de 10X Genomics para presentar algunas de las actualizaciones más recientes sobre sus sistemas y química. … Leer más
Genómica 10X: combinación de técnicas nuevas y antiguas para desbloquear nuevos conocimientos
La secuenciación de Illumina es, con mucho, la técnica de secuenciación de próxima generación más común que se usa en … Leer más
El disparate amoral de la selección de embriones de Orquídea
Si aún no has oído hablar de Clubhouse… bueno, es el último unicornio de Silicon Valleyy la nuevo y popular … Leer más
Ven y trabaja con nosotros |
Tenemos un increíble puesto de posdoctorado en nuestro grupo: ¡Solicite y hágalo a través del sistema universitario! A continuación se … Leer más
¿Cómo puedo saber si una vía está «regulada al alza» o «regulada a la baja»?
A menudo escuchamos la siguiente pregunta: “¿Hay alguna forma de saber si todo el camino o todo el GO está … Leer más
Análisis Multi-Omics en el CGC: Aplicaciones en Investigación Epigenética
El valor del análisis multiómico La creciente diversidad de grandes conjuntos de datos sobre el cáncer ha llevado a una … Leer más
Ganadores de los Premios a la Innovación de la Industria de Ciencias de la Vida 2021
Las nuevas tecnologías hacen posibles los avances en la investigación de las ciencias de la vida, el desarrollo de fármacos … Leer más
¿CUÁL ES LA RESPUESTA? (PROYECTOS PRINCIPIANTES A RECOGER)
La discusión destacada de esta semana aborda el tema de pequeños proyectos para personas que recién comienzan su capacitación en … Leer más
Operacionalización del aprendizaje automático en el laboratorio
En blogs anteriores, mostramos cómo la solución de análisis de datos se puede utilizar en muchos escenarios de laboratorio diferentes … Leer más
Mi odisea de obtener metadatos scRNAseq
Quiero seleccionar un conjunto de datos de scRNAseq público de este documento Los análisis de células individuales revelan subconjuntos de … Leer más
En general, no se puede establecer una correlación entre el curso temporal de la enfermedad para la SSPE (Tabla 1) y la mutabilidad antigénica a partir de los resultados de estos ensayos de neutralización.
En general, no se puede establecer una correlación entre el curso temporal de la enfermedad para la SSPE (Tabla 1) … Leer más
lenguaje en el cerebro | blog de biologia computacional
Necesitamos una funcionalidad bastante diferente a las estadísticas para modelar el lenguaje. Es posible que necesitemos esta funcionalidad en otras … Leer más
Capacitación en bioinformática y ciencia de datos de OmicsLogic para NAIPI
Capacitación en bioinformática y ciencia de datos de OmicsLogic para la Asociación Nacional de Investigadores Principales de IDeA (NAIPI) Con … Leer más
Cómo la bioinformática puede respaldar su ensayo clínico
Los ensayos clínicos generan grandes cantidades de datos en cada fase, que informan la dirección futura o el éxito final … Leer más
Un nuevo camino para mi carrera en informática biomédica y de la salud
Este año, 2022, marca un cuarto de siglo de mi liderazgo en informática académica en Universidad de Ciencias y Salud … Leer más
¿Qué conversación le gustaría tener a cada proveedor de instrumentos de secuenciación?
En la telenovela Hombres Locos, una máxima favorita del personaje principal Donald Draper es «si no te gusta lo que dice la gente, cambia la conversación». Hay una gran parte de verdad en esto: la forma en que pensamos sobre cualquier tema se ve fuertemente afectada por la forma en que se enmarca el tema: cambie el encuadre y, a menudo, la conversación cambia radicalmente. ¿En qué podría querer cada proveedor de secuenciación que centremos nuestras conversaciones, especialmente con la presentación de la serie Illumina NovaSeq X la semana pasada?
Anuncio de ribbity: un proyecto hacky para crear sitios web a partir de rastreadores de problemas de GitHub
lun 23 mayo 2022 Por C. Titus Brown en programacion etiquetas: github Durante las últimas semanas, he estado hackeando un … Leer más
Mundo de la genómica: Dinamarca
Debajo de la aurora boreal se encuentra Dinamarca (o Danmark en danés), una tierra pintoresca que alguna vez fue el … Leer más
OBF » Aspectos destacados de BOSC 2022 colaborados » Aspectos destacados de BOSC 2022 colaborados
Publicado el 16 de agosto de 2022 por Geraldine Van der Auwera Volver a casa después de asistir a BOSC … Leer más
Envolviendo vectores R con paréntesis
En esto tutorial de vectores y listasel código de ejemplo envuelve las asignaciones de vectores R con paréntesis o corchetes. … Leer más
Descripción general de Brucella Abortus
Brucelosis es una enfermedad infecciosa zoonótica causada por brucela, y es una de las enfermedades zoonóticas más extendidas en el … Leer más
Inteligencia artificial utilizada para predecir los resultados de hospitalización de pacientes geriátricos con demencia
Mediante el uso de inteligencia artificial, los investigadores de Houston Methodist pueden predecir los resultados de la hospitalización de pacientes … Leer más
Modelado computacional individualizado del inicio, brote y eliminación de enfermedades mediadas por el sistema inmunitario en la psoriasis
Resumen A pesar de una mayor comprensión de la fisiopatología de la psoriasis, actualmente faltan modelos computacionales predictivos. Desarrollamos un … Leer más
Imágenes 3D confocales multiespectrales de tejido tumoral y sano intacto utilizando mLSR-3D
Bella, M. et al. Visualización tridimensional y análisis del desarrollo humano temprano. Célula 169161–173.e12 (2017). CAS PubMedA Google AcadémicoA Hannezo, … Leer más
Stereo-seq de una sola célula revela células progenitoras inducidas involucradas en la regeneración del cerebro del ajolote
en Publicaciones Hace 8 horas 141 Vistas El mecanismo molecular que subyace a la regeneración del cerebro en los vertebrados … Leer más
Un análisis pancanceroso de la familia del colágeno VI sobre el pronóstico, el microambiente tumoral y su potencial efecto terapéutico | BMC Bioinformática
Expresión de COL6A en pan-cáncer Según los datos publicados, en el presente estudio se analizaron un total de siete miembros … Leer más
Nuevo panel objetivo de proteína de inmuno-oncología 30-Plex, dispositivo de reducción de coágulos de sangre de la arteria pulmonar de Temple Medicine, más
29 de septiembre de 2022 | Una solución de software basada en la nube para agilizar el flujo de trabajo … Leer más
Análisis de perturbación de RNA-seq de células individuales espaciales con ‘augurio’
Los datos de RNA-seq de una sola célula espacial son esencialmente datos de RNA-seq de una sola célula regulares que … Leer más
Conflicto y cooperación en pangenomas procariotas |
Se aceptan solicitudes durante todo el año. Solo estudiantes de doctorado autofinanciados Sobre el proyecto Los procariotas median en la … Leer más
YOKOFAKUN: Creando un GATK Walker personalizado (GATK 3.6) : mi cuaderno
Este es mi cuaderno para crear un motor personalizado en GATK. Quiero leer un archivo VCF y obtener una tabla … Leer más
Por qué es incorrecto usar puntajes de riesgo genético en embriones
Debido al imprudente anuncio del uso de la selección de embriones de selección de puntaje de riesgo poligénico por parte … Leer más
Python para bioinformática: teorema de la pizza
en Acheson El maravilloso libro de la geometríame encontré con el «teorema de la pizza.» La forma básica del problema … Leer más
CoreGenomics: CoreGenomics se ha mudado
CoreGenomics: CoreGenomics se ha mudado CoreGenomics se ha mudado Enseqlopedia: El año pasado inicié el proceso de construcción del nuevo … Leer más
Illumina presenta NextSeq 1000 y NextSeq 2000
La semana pasada en la JP Morgan Healthcare Conference, Illumina presentó sus nuevos secuenciadores, NextSeq 1000 y NextSeq 2000. Fortalezas: … Leer más
Una década de atlas de células moleculares
Un reciente artículo de opinión titulado “Una década de atlas de células moleculares” de Stephen Quake narra los increíbles avances … Leer más
¡Ven y haz un doctorado con nosotros! |
¡Ven y haz un doctorado en mi grupo, en colaboración con nuestros increíbles socios! Por favor aplica usando Universidad de … Leer más
5 formas de analizar sus datos ómicos sin pagar por software
Usted es un científico de la vida que realiza investigaciones de vanguardia que implican experimentos en los que recopila datos … Leer más
Aprendizaje automático y procesamiento de imágenes en el CGC: herramientas para el éxito
El aprendizaje automático se está volviendo omnipresente en el espacio de la bioinformática: la aplicación de algoritmos de aprendizaje automático … Leer más
10x Genomics, Integrated DNA Technologies (IDT) y Sartorius reciben los máximos honores en los premios de la industria de ciencias biológicas
ARLINGTON, Virginia., 8 de diciembre de 2021 /PRNewswire/ — BioInformatics Inc., parte de Science and Medicine Group, la firma líder … Leer más
OpenHelix para exhibir en TRICON
Además, para los tipos de desarrolladores: ofrecen una forma de interactuar con el software Aquaria para agregar sus propias funciones … Leer más
Página no encontrada – Informática Aplicada
Parece que no se encontró nada en este lugar. ¿Tal vez intente uno de los enlaces a continuación o una … Leer más
El Simposio Internacional de Informática, 2022: un evento (prácticamente) imperdible
Sí, es cierto, es posible que no se pueda reemplazar el revuelo de la creación de redes cara a cara … Leer más
Cómo hacer una transcripción a un archivo de mapeo de genes
Necesito una transcripción del archivo de mapeo de genes para Salmon. Soy consciente de la anotación bioconductor paquetes que pueden … Leer más
¿Qué tiene de malo modelar? | blog de biologia computacional
Una tarea típica de la neurociencia teórica es el “modelado”, por ejemplo, construir y analizar modelos de red de la … Leer más
Simposio de investigación ómica (30 y 31 de agosto de 2022)
los Simposio de investigación ómica es un evento destinado a reunir a esta red de expertos, educadores y estudiantes de … Leer más
El futuro de la genómica – Fios Genomics
¿Se pregunta cómo será el futuro de la genómica? No eres el único. Con los avances en las tecnologías de … Leer más
Profesor de Informática: Llegada de la 8ª Edición de Informática en Salud: Guía Práctica
Me complace anunciar la publicación de la octava edición de Informática en Salud: Guía Práctica. El objetivo de este libro … Leer más
Las entradas de SRA nunca deberían desaparecer en el aire
Me encontré con un problema molesto anoche y estaba bastante molesto, pero tuve la disciplina de esperar hasta la mañana … Leer más
¡Asi que! ¡Quiere buscar todos los metagenomas públicos con una secuencia genómica!
mié 31 agosto 2022 Por C. Titus Brown En la ciencia. Etiquetas: SourmashMAGsearchSRAsoftwarek-mersminhashmastiff Imagina que tienes un genoma (microbiano). O … Leer más
¿Cómo descargar archivos de un servidor FTP usando Python? — Revisión de bioinformática
En este artículo, proporcionamos un script de Python simple para descargar archivos desde un servidor FTP usando Python. Escriba la … Leer más
Un nuevo estudio utiliza aprendizaje automático y RNA-seq para identificar fusiones de genes causantes de cáncer en glioblastoma
Escrito por Miyako Rogers, escritor científico Un nuevo estudio, publicado en Naturaleza, ha identificado fusiones de genes con potencial oncogénico … Leer más
Convocatoria para la segunda ronda de OBF Event Fellowship 2022 y descripción general de la primera ronda
Publicado el 12 de agosto de 2022 por Malvika Sharan La convocatoria de solicitudes para OBF Event Fellowship 2022, ronda … Leer más
Backticks en R – blog de Dave Tang
Las únicas veces que usé acentos graves en R fue cuando se importó un archivo a R y los nombres … Leer más
Método de detección de patogenicidad de Legionella
La enfermedad del legionario (EL) estalló por primera vez a gran escala en un mitin militar en Filadelfia en 1976, … Leer más
Un estudio revela dos tipos distintos de obesidad con diferencias fisiológicas y moleculares
Un equipo dirigido por científicos del Instituto Van Andel ha identificado dos tipos distintos de obesidad con diferencias fisiológicas y … Leer más
Utilidad de las restricciones que reflejan la estabilidad del sistema en los análisis de modelos biológicos
Citación: Kariya Y, Honma M, Tokuda K, Konagaya A, Suzuki H (2022) Utilidad de las restricciones que reflejan la estabilidad … Leer más
Identificación de asociaciones de genes y biomarcadores interpretables con pruebas basadas en kernel con información funcional en 190 000 exomas
Declaración de Ética Los protocolos de biobancos del Reino Unido son supervisados por el Comité Asesor de Ética de Biobancos … Leer más
scAllele: una herramienta versátil para la detección y el análisis de variantes en scRNA-seq
Los datos de secuenciación de ARN de una sola célula (scRNA-seq) contienen información valiosa a nivel de genes, transcritos y … Leer más
Un enfoque de aprendizaje por refuerzo para la predicción de poses de unión proteína-ligando | BMC Bioinformática
La Figura 1 muestra un ciclo de aprendizaje ilustrativo de RL en el contexto del problema de acoplamiento proteína-ligando. A … Leer más
Genetistas descubren proteínas maternas con influencia epigenética sobre el desarrollo fetal
8 de septiembre de 2022 | Los descubrimientos recientes de los investigadores del Instituto Walter y Eliza Hall (WEHI) demostraron … Leer más