ALPS: un sistema automatizado de imágenes en vivo y selección de células para la secuenciación de ARN de una sola célula

El análisis de transcriptoma completo de una sola célula es el enfoque estándar de oro para identificar fenotipos celulares definidos molecularmente. Sin embargo, este enfoque no se puede utilizar para mediciones dinámicas como imágenes de células vivas. Investigadores del Centro RIKEN para la Investigación de la Dinámica de Biosistemas (BDR) han desarrollado un robot multifuncional, el sistema automatizado de imágenes en vivo y selección de células (ALPS) y lo han utilizado para realizar la secuenciación de ARN de una sola célula para células observadas microscópicamente con múltiples modos de imagen. Usando datos obtenidos robóticamente que vinculaban las imágenes celulares y el transcriptoma completo, los investigadores predijeron con éxito los fenotipos celulares definidos por el transcriptoma de una manera no invasiva utilizando el aprendizaje profundo basado en imágenes celulares. Este enfoque no invasivo abre una ventana para determinar el transcriptoma completo de células vivas en tiempo real. Además, este trabajo, que se basa en un enfoque basado en datos, es una prueba de concepto para determinar los fenotipos definidos por el transcriptoma (es decir, sin depender de genes específicos) de cualquier célula a partir de imágenes de células utilizando un modelo entrenado en conjuntos de datos vinculados.