Los compuestos se enumeraron como binarios, ternarios, cuaternarios, etc. (moléculas compuestas de dos, tres, cuatro, etc. átomos) en el Nuevo Sistema de Filosofía Química dependiendo del número de átomos que tenía un compuesto en su forma empírica más simple.
Dalton planteó la hipótesis de que la estructura de los compuestos se puede representar en proporciones de números enteros. Entonces, un átomo del elemento X que se combina con un átomo del elemento Y es un compuesto binario. Además, un átomo del elemento X que se combina con dos átomos del elemento Y o viceversa, es un compuesto ternario. Muchos de los primeros compuestos enumerados en el Nuevo Sistema de Filosofía Química corresponden a puntos de vista modernos, aunque muchos otros no.
Dalton usó sus propios símbolos para representar visualmente la estructura atómica de los compuestos. Fueron representados en el Nuevo Sistema de Filosofía Química , donde enumeró 21 elementos y 17 moléculas simples.
Como curiosidad comentar que Dalton publicó artículos sobre temas tan diversos como la lluvia y el rocío y el origen de los manantiales (hidrosfera); sobre el calor, el color del cielo, el vapor y el reflejo y refracción de la luz; y sobre los temas gramaticales de los verbos auxiliares y participios del idioma inglés.
