- Primer viaje (1857-1860) . En su primer viaje a México, Charnay recogió recuerdos y realizó diversas fotografías de las ruinas que visitó, entre otras; Palenque, Izamal, Chichén Itzá, Uxmal, Sisal, Dzitas, Ticul
- Segundo viaje (1880-1882). Este segundo viaje le permitió conocer los volcanes Popocatépetl e Iztaccíhuatl. También descubrió perros de juguete en madera en un cementerio de Iztaccíhuatl. Llegó a Tabasco y ahí realizó uno de sus máximos logros como arqueólogo, al llegar a la ciudad maya de Comalcalco el 12 de septiembre de 1880.
- Tercer viaje (1886) . Hizo un último y exhaustivo viaje a Yucatán , cuyo relato publicó con el título Ma derniére expedition au Yucatan (Mi última expedición a Yucatán)