Al mismo tiempo, también le preocupaba la reforma del derecho penal. Sus experiencias como médico lo habían llevado a oponerse a la pena capital : al principio, intentó abolirla, pero no lo consiguió. En ese momento, la decapitación en Francia era típicamente con hacha o espada, lo que no siempre causaba la muerte inmediata. Además, la decapitación estaba reservada para la nobleza, mientras que los plebeyos solían ser ahorcados , lo que podía llevar mucho tiempo, ya que aún no se habían inventado las técnicas mediante las cuales el nudo de la víctima se rompía con la soga. Otros métodos incluían quemar en la hoguera , romper la rueda, morir por ebullición y desmembrar.. Guillotin se dio cuenta de que, si no podía eliminar las ejecuciones, al menos podría hacerlas más humanas.
El 10 de octubre de 1789 propuso que “el criminal sea decapitado ; esto se hará únicamente mediante un mecanismo simple”. El “mecanismo” se definió como “una máquina que decapita sin dolor”. Su propuesta apareció en el periódico realista Les Actes des Apôtres . En total, Guillotin propuso seis artículos:
- Todos los castigos por la misma clase de delito serán los mismos, independientemente del criminal (es decir, no habría privilegio para la nobleza)
- Cuando se aplique la pena de muerte será por decapitación, ejecutada por una máquina
- La familia del culpable no sufrirá discriminación legal alguna.
- Será ilegal que cualquiera reproche a la familia del culpable sobre su castigo.
- No se confiscarán los bienes del condenado.
- Los cuerpos de los ejecutados serán devueltos a la familia si así se solicita.
A pesar de esta propuesta, Guillotin se opuso a la pena de muerte, y esperaba que un método de ejecución más humano y menos doloroso sería el primer paso hacia la abolición total.
Como curiosidad comentar que Guillotin se convirtió en uno de los primeros médicos franceses en apoyar el descubrimiento de la vacunación por Edward Jenner , y en 1805 fue presidente del Comité Central de Vacunación en París. También fundó uno de los precursores de la Academia Nacional de Medicina .